اختلاف با ژوزه مورینیو در فصل ۲۰۱۲–۲۰۱۳ لالیگا ژوزه مورینیو با ایکر کاسیاس دچار مشکل شد. بر اساس شواهد دلیل اصلی این مشکل رابطه دوستانه وی با برخی از بایکنان تیم رقیب یعنی بارسلونا نظیر ژاوی هرناندز بوده‌است. اما برخی منابع دلیل این نیمکت نشینی را رابطه بد ایکر کاسیاس با مربی دروازبانان رئال مادرید سلوینو لورو اعلام کردند. اگرچه خودکاسیاس نسبت به این مسایل سکوت کرد. این اختلاف تا حدی پیش رفت که ایکر کاسیاس در بازی هفته هفدهم فصل ۲۰۱۲–۲۰۱۳ لالیگا در بازی خارج از خانه مقابل مالاگا نیمکت نشین شد و جای او را آنتونیو آدان پر کرد. در این بین او در چند بازی و با اخراج آنتونیو آدان به ترکیب اصلی برگشت. یکی از این بازی‌ها، بازی برگشت کوپا دل ری فصل ۲۰۱۲–۲۰۱۳ در ورزشگاه مستایا مقابل والنسیا و در مرحله یک چهارم پایانی بود که ایکر کاسیاس با ضربه آلوارو آربه لوآ دچار شکستگی انگشت شد. در همین حال ژوزه مورینیو که می‌گفت نیمکت نشینی کاسیاس به‌خاطر عمل‌کرد خوب آدان بوده‌است، طی اقدامی متناقض دیگو لوپز را از تیم سویا خرید و به او بازی داد. روند بازی کردن دیگو لوپز پس از بازگشت ایکر هم ادامه داشت و این نشان می‌داد که اختلافات، عامل اصلی نیمکت نشینی او هستند. در نهایت با رفتن ژوزه مورینیو از رئال مادرید و آمدن کارلو آنچلوتی در فصل ۲۰۱۳–۲۰۱۴ ایکر کاسیاس به ترکیب تیم در جام حذفی و لیگ قهرمانان اروپا بازگشت و در فصل ۲۰۱۵–۲۰۱۴ هم دروازه‌بان اصلی رئال مادرید شد. منبع : ویکی پدیا