پیوند زنی DNA-DNA یک روش بیولوژی مولکولی است که از طریق آن میتوان دوری و نزدیکی گونه ها ، یا به صورت دقیق تر "ژن ها" را از هم مشخص کرد
در این روش ، قسمتی از DNA ژن (یا به طور کامل) یک ارگان از یک گونه (مثلا انسان خردمند) را از هم جدا کرده و در برابر ردیف مخالف همان ژن در گونه ای دیگر (مثلا انواعی از گوریل و میمون) قرار میدهند .
هرچه قدر شباهت ژنتیکی بیشتر باشد تعداد بیشتری از نوکلئوتید ها هم به یک دیگر پیوند هیدروژنی برقرار میکنند و هرچه قدر دوری ژنتیکی بیشتر باشد (به دلیل جهش ) تعداد کمتری پیوند ایجاد میشود .
مرحله بعد که به ذوب DNA هم معروف است با اندازه گیری گرمای مصرف شده ( مبحث ترمودینامیک DNA و قوانین خاص خودش) برای جداسازی دو ردیف میزان دوری و نزدیکی دو گونه "نسبت به گونه ثالث" را مشخص میکند . مثلا اگر گرمای جداسازی ژن پیوندی انسان-گوریل n میکروژول و گرمای جداسازی ژن پیوندی انسان-الاغ x میکروژول بود (x<n) انسان به گوریل نزدیک تر است . گرمای بیشتر به معنی تعداد پیوند بیشتر است .