اما عمده داستان بازی روی جدال داخلی پلوپونز (جنگ پلوپونزوس) متمرکز شده است. نبردی خونین که در سه دوره از سال ۴۳۱ پ.م تا ۴۰۴ پ.م میان آتنیها و اسپارتها انجام شد و در جریان آن صدمات زیادی به شهرهای یونان از آسیای صغیر گرفته تا تراکیه و قبرس وارد شد. در اودیسی تنها دوره نخست نبرد پلوپونز روایت میشود و یوبی سافت برخی از نبردهای تاریخی را با داستانی ساختگی با الهام از واقعیت ارائه میکند. هرچند پارسیان به صورت مستقیم به جدال پلوپونز وارد نشد، اما نمیتوانیم از نقش حمایتی هخامنشیان از نبرد داخلی یونان عبور کنیم.
پادشاهان هخامنشی با دخالت در نبرد داخلی یونان، به حمایت از اسپارتها در مقابل آتن پرداختند
با پایان نبرد پارسیان و یونانیان، از سال ۴۴۵، آتن به سمت قدرتمندتر شدن پیش رفت و همین موضوع باعث نگرانی اسپارتها و برخی از جزایر خودمختار یونان شد. با زمامداری پریکلس، سیاستمدار، سخنران و جنگسالار آتنی، آنها تسلط بی قید و شرط بر ناحیه اژه در یونان را در سر داشتند، اما این موضوع با مخالفت اسپارت روبرو شد. اسپارتها که از قدرت روز افزون آتن بیم داشتند، به ناچار دست یاری به سمت شاه بزرگ (امپراطور هخامنشی) دراز کردند و به این شکل پارسیان نیز به نحوی وارد جدال میان یونانیان شدند. قدرت طلبی آتنیها باعث شد تا شهرهای خودمختار یونان به مرور به اسپارتها نزدیک شوند و در دورهای سی ساله شاهد دوبخش شدن یونان در نبردی رودررو باشیم. شروع نبرد اما در سال ۴۳۵ پ.م و به دنبال اعلام استقلال کورکورا، مستعمره کورنت رخ داد، جایی که کورنت بیدرنگ با ارسال ناوگانی برای تسخیر کورکورا اقدام کرد. این موضوع باعث شد تا شهرهای یونان در دو بخش اتحادیهی پلوپونز به سرکردگی اسپارتها به نبرد با آتنیها بروند. این نبرد بیش از ۲۵ سال به طول انجامید و جنگهای پلوپونزی نام گرفت. نبردی که دوره نخست آن به مدت ۱۰ سال از ۴۳۱ پ.م تا ۴۲۱ پ.م به طول انجامید و نتیجهای جز خرابی شهرهای یونان نداشت. ساخته یوبیسافت با الهام از این جدال داخلی، به رویدادهای مختلف رخ داده در طول این ۱۰ سال اشاره میکند و با توجه به بعد تاریخ موضوع حمایت پارسیان از اسپارتها، اشاراتی مستقیم نیز به این دخالت دارد. به شکلی که در بخشی از داستان که به فرقه کازموس اشاره دارد، شاهد حضور لباس لجندری ایمورتال (مربوط به پارسیان) در دست افراد یکی از شاخههای این فرقه هستیم. البته باید گفت از تمام شهرهای خودمختار یونانی و غیر یونانی در فرقه کازموس حضور دارند، این موضوع صرفا به پارسیان مربوط نمیشود.
با این حال، به دنبال مرگ اردشیر یکم و برتخت نشستن داریوش دوم (۴۲۳ پ.م تا ۴۰۴ پ.م)، دخالت پارسیان و حمایت امپراطوری هخامنشی از اسپارتها در جدال پلوپونز به ویژه از دومین دوره (۴۱۶ پ.م تا ۴۱۳ پ.م) شدت میگیرد و باعث پیروزیهایی متعددی برای اسپارتها میشود که با توجه به دورهای که بازی در آن تنظیم شده است به این موضوع اشارهای نمیشود. اسپارتها در نهایت در سال ۴۰۴ به لطف کمکهای پارسیان، آتن را تصرف میکند.
حضور شخصیتهای مختلف از کلئون (Cloen یا Kloen)، سردار آتنی گرفته تا براسیداس، فرمانده اسپارتی در بازی اودیسی، مفهموی تاریخی را نیز به اودیسی میدهد، هرچند باید گفت که بخش عمدهای از داستان با قهرمانپروری همراه است و ساختگی محسوب میشود.