او در ۷ سپتامبر ۱۹۹۷ در تبعیدگاهش در رباط در کشور مراکش در سن ۶۶ سالگی درگذشت.

موبوتو، با اختلاس بیش از۵.۵ میلیارد دلار آمریکایی از کشور خود، عنوان سومین رهبر فاسد آفریقایی در دو دهه گذشته را داراست.