رقیب سنتی پرسپولیس یعنی استقلال سابقه حذف در مرحله اول جام حذفی را در سالهای گذشته مقابل تیمهای مس رفسنجان و شاهین بوشهر داشته است. استقلالیها که کارنامه بدی در مقابل تیمهای کم نام و نشان دارند در20 سال گذشته حذف و ناکامی را در جام حذفی مقابل تیمهای گمنام تجربه کردهاند که در ادامه به آن خواهیم پرداخت.
1- توليپرس قزوين يکي از تيمهای گمنامی که استقلال را در جام حذفی از گردونه رقابتها بيرون کرد تولیپرس قزوين بود. تيمی که در خانه خودش و در يک تک بازی توانست با گل بهنام ابوالقاسمپور تيم پرطرفدار استقلال را در اواسط مسير جام حذفی کنار بزند. اين مسابقه خيلی سال پيش برگزار شد و آن زمان ليگ برتری در کار نبود و مسابقات در ليگ آزادگان برگزار میشد.
2 - فراز قم از ديگر تيمهای گمنامی که موفق به حذف استقلال از گردونه اين رقابتها شدند میتوان به فراز قم اشاره کرد. تيمی که در ديدار رفت و برگشت رودرروی استقلال قرار گرفت و پس از شکست يک بر صفر در تهران و خانه حريف موفق شد در قم استقلال را با دو گل شکست داده و اين تيم را در عين ناباوری حذف کند.
3 - مرصاد شيراز شيرازیهاي دسته پايينتر هم زهرشان را در مسابقات جام حذفی بر تن استقلال ريختهاند و از ياد نخواهيم برد تيم امير قلعهنويی را که در رويارويی با مرصاد شيراز در يک تک بازی که دو – صفر مغلوب ميزبان خود شد و از همان شيراز با جام حذفی خداحافظی کرد. بازی که سبب شد انتقادات فراوانی را برای امير قلعهنويی در پي داشته باشد. تيمی که بعد از آن بازی حسين کوشکی را به استقلال داد تا پای اين بازيکن از اين طريق به سطح اول فوتبال ايران باز شود و برد مرصاد به اين شکل برای او خوشيمن تلقی شود.
4 - ايرانجوان بوشهر امير قلعهنويی يک بار ديگر هم با استقلال از گردونه جامحذفي خداحافظی کرده است و آن پس از رويارويی با تيم ايرانجوان بوشهر بود. بازی که به قيد قرعه استقلال بايد آن را در خانه ميزبان برگزار میکرد و در شرايطی که تا دقايق پاياني با يک گل از ميزبانش پيش بود به يکباره در دقيقه 89 با گل حريف کار را در وقت اضافه و ضربات پنالتی ديد و در نهايت هم اين ايرانجوان بوشهر بود که در ضربات پنالتی سند حذف تيم قلعهنويی را امضا کرد.
5 - صنعت ساری! استقلال با سرمربيگری قلعهنويی در ليگ پنجم البته يکبار هم از رويارويي با يک تيم دسته پايينتر انصراف داد و در واقع در زمين مسابقه حاضر نشد. البته ماجراي آن بازی به اين ترتيب بود که در سوی ديگر جدول جامحذفی تيم پرسپوليس پس از حذف ابومسلم (سه بر دو) و ملوان (سه بر يک) در انتظار برنده بازی استقلال-صنعت ساری بود که به يکباره استقلالیها از ادامه مسابقات جامحذفی انصراف دادند. گرچه پس از پايان تمام ماجرای انصراف قلعهنويی معترض شد که اين رفتار برخلاف ميل باطنی او بوده است