بعد از اسارت غل و زنجیری بیست کیلویی بر او بستند و نزد خان قجر آوردند. مغرورتر از آن بود که زانو بزند و علی‌رغم شکست همچنان مغرور بود. آغا محمدخان از این غرور بسیار خشمگین شد. دستور داد تا اصطبل‌بانان لشکرش به او تجاوز کنند. آن پادشاه شجاعی که یک تنه حریف چهارده مرد زورمند می‌شد، به اصطبل‌بانان سپردند و آن‌ها از شب تا صبح به او تجاوز کردند. روز بعد دوباره وی را نزد خان قاجار آوردند. لطفعلی‌خان باز هم نسبت به او احترام نگذاشت و زانو نزد! خان قجر دستور داد تا جلاد چشمانش را از حدقه در بیاورد. جلاد به جان او افتاد و انگشت‌های شصت خود را با تمام قدرت در چشمان لطفعلی‌خان فرو کرد و او را کور نمود. با این حال لطفعلی‌خان باز در برابر خان قجر به خاک نیافتاد. آغامحمدخان دستور داد تا پزشکان به زخم‌های او رسیدگی کنند تا زنده بماند و بیشتر زجر بکشد. از بخت بد لطفعلی‌خان از آن همه زخم جان سالم بدر برد. او را به زندانی در تهران منتقل کردند. اینکه در زندان‌های تهران چه بر او گذشت معلوم نیست. با وجود اسارت همچنان مردم جنوب ایران، به ویژه دو شهر کرمان و شیراز لطفعلی‌خان را شاه می‌دانستند و از قجرها بیزار بودند. سرانجام آغامحمدخان از ترس شورش مردم فرمان داد  ابتدا دستور داد دست های او قطع و سپس سرش را بریدندتا لطفعلی‌خان را به قتل برسانند.