بحرین از سال ۱۷۸۳ میلادی، به دست آل خلیفه «که از اعراب شبهجزیرهٔ عربستان بودند» افتاد که از قرن نوزدهم تا سال ۱۹۷۱ میلادی، تحتالحمایهٔ انگلیس بودند. با این حال، در دوران قاجار و پهلوی، ایران هنوز مدعی مالکیت بر بحرین بود. به گفته میرزا علی کازرونی، نماینده بوشهر در دوره چهارم مجلس شورای ملی در حدود سال ۱۲۹۶ هجری قمری «۱۲۵۸ خورشیدی» دولت عثمانی ادعای حاکمیت بر بحرین میکند و برای حل این مناقشه، مجمعی برای حکمیت در برلن با حضور نمایندگانی از دولتهای فرانسه و انگلیس تشکیل میشود و این مجمع رأی میدهد که جزیره بحرین متعلق به ایران است اما دولت انگلیس اظهار میکند که تا وقتی دولت ایران حتی چهار ناو جنگی در خلیج فارس ندارد، حفاظت از بحرین را عهدهدار میشود. در ۲۵ فروردین ۱۳۰۲ «چهاردهم آوریل ۱۹۲۳» جمعی از نمایندگان مجلس شورای ملی طرحی پیشنهاد دادند که مردم جزیره بحرین یک نماینده برای مجلس انتخاب کنند و به تهران بفرستند. مبتکران این طرح شیخ علی صدرالاسلام نماینده زنجان، ابوالقاسم فیوضات و حاج محسن معتمدالتجار نمایندگان تبریز و سید یعقوب انوار نماینده شیراز بودند. در سال ۱۹۲۷ میلادی، ایران در شکوائیهای رسمی به بریتانیا نسبت به قرارداد این کشور با سلطان نجد و حجاز «که پس از مدتی به عربستان سعودی تبدیل شد» اعتراض کرد. چون در بخشی از این پیمان، از «... تعهد به حفظ روابط دوستانه و صلحآمیز با سرزمینهای کویت و بحرین...» یاد شده بود. اما انگلیسیها امیر بحرین را حاکمی مستقل و جزیره و اهالی آن را تحتالحمایه دولت بریتانیا دانستند و مدعی شدند که ادعای حاکمیت ایران بر بحرین بر هیچ مبنای معتبری استوار نیست. ادعاهای ایران بر بحرین در سالهای بعد نیز ادامه یافت.
در حالی که موضع انگلستان در حمایت از استقلال بحرین با استقبال کشورهای عربی مواجه شده بود، دولت شوروی اعلان حاکمیت ایران بر بحرین را مورد تأیید رسمی قرار داد. در سال ۱۹۶۸ با تصمیم انگلیسیها به خروج نیروهای خود از منطقه شرق سوئز و خلیج فارس بحث بر سر وضعیت بحرین دوباره به اوج رسید. پیشنهاد انگلیسیها تشکیل فدراسیونی از قطر و بحرین و هفت امیرنشین حاشیه خلیج فارس بود که با مخالفت شدید ایران روبرو شد. در ۴ ژانویه ۱۹۶۹ شاه ایران در نشستی خبری در دهلی نو موضع معتدلتری اتخاذ کرده و از حق اهالی بومی برای تعیین سرنوشت خود از طریق یک همهپرسی سخن گفت؛ «... چنانچه مردم بحرین علاقهمند به الحاق به کشور من نباشند، ایران ادعای ارضی خود را نسبت به این جزیره پس خواهد گرفت…»، اما شیخ عیسی حاکم بحرین که میترسید چنین رفراندومی باعث ایجاد دشمنی و تنش بین ایرانیها و اعراب منطقه شود پیشنهاد شاه را رد کرده و پاسخ تهدیدآمیزی را از شاه دریافت کرد که در آن آمده بود ایران نه تنها استقلال بحرین را به رسمیت نمیشناسد بلکه در صورت عضویت آن در سازمان ملل از این سازمان خارج خواهد شد.
پس از چندین ماه مذاکرات محرمانه ایران در ۹ مارس ۱۹۷۰ «اسفند ۱۳۴۹» با درخواست از دبیرکل سازمان ملل برای اعمال مساعی جمیله به منظور تشخیص خواست واقعی مردم بحرین پیشقدم شد. ایران اعلام کرده بود نظر نمایندگان سازمان ملل را در صورتی که با تأیید شورای امنیت سازمان ملل همراه باشد خواهد پذیرفت. بریتانیا نیز از پیشنهاد استقبال کرده و اوتانت دبیرکل سازمان ملل هیئتی را به ریاست ویتوریا گیچاردی را مأمور انجام این کار کرد. هیئت سازمان ملل ادعا کرد که پس از گفتگو با طیف گستردهای از مقامات مذهبی و مدنی و مردم عادی اعلام کرد که تقریباً تمام مردم بحرین خواهان یک حکومت کاملاً مستقل هستند و اکثریت بزرگی از آنها آن را یک کشور عربی میدانند. این تصمیم در شورای امنیت تأیید شده و بحرین استقلال خود را در ۱۴ اوت ۱۹۷۱ اعلام کرد و ایران نیز اولین کشوری بود که آن را به رسمیت شناخت.
در بحرین، برای نظرخواهی از مردم برای استقلال به جای همهپرسی تنها به یک نظرسنجی بسنده شد.
حسنین هیکل «محمد هیکل» میگوید: ملک فیصل پادشاه عربستان در آن زمان رهبری مذاکرات کشورهای عربی با ایران را در این باره برعهده گرفته بود، در آن زمان کشورهای عربی خواستار شدند، بحرین که در آن زمان ۷۰ درصد جمعیتش را شیعیان تشکیل میدادند، به یک کشور عربی تبدیل شود و در مقابل این سه جزیره را که اکنون امارات متحده عربی مدعی مالکیت آن است به ایران واگذار شود.
این نویسنده سرشناس عربی افزود: حاکمان عرب در آن تاریخ به دنبال مقابله با توازن شیعی و عربی بودند و هرگز به فکر مالکیت جزایر سهگانه تنب کوچک و تنب بزرگ و ابوموسی نبودند.