داستان انیمه در شهری به نام کاماکورا (شهری واقعی، واقع در ژاپن) روایت میشود و محوریت اصلی آن در راستای موجوداتی تکامل یافته به نام دیکلونیئوس است. دیکلونیئوسها کاملاً شبیه به انسانها هستند و فقط یک تفاوت ظاهری با آنها دارند و آن هم وجود دو شاخ بر روی سرشان است. اما دیکلونیئوس فقط و فقط از نظر ظاهری شبیه به انسانها هستند و ویژگیهای درونی و قدرتهای آنها کاملاً با انسانها متفاوت است. دیکلونیئوس دارای قدرتی ماورائی و فرابشری هستند که در دستان نامرئی آنها خلاصه میشود. انسانها با دیدن این موجودات و ترس از کشته شدن، دیکلونیئوسها را در یک سازمان فوق سری قرنطینه کردند و مانع زیاد شدن نسلشان شدند تا بر روی آنها آزمایش و مطالعه کنند.
شخصیت اصلی انیمه، لوسی «Lucy» نام دارد که بارها سعی بر فرار داشت و در آخر با به قتل رساندن تعداد زیادی از نگهبانان موفق به فرار شد. لوسی در لحظه آخر فرار خود توسط یک تک تیرانداز تیر خورده و به دریا پرتاب میشود. جریان آب لوسی را به سمت کاماکورا میبرد و تیر خوردن او باعث میشود وی تمامی خاطرات خود را فراموش کند و حتی قادر به حرف زدن هم نباشد. بعد از رسیدن لوسی به شهر، وی در ساحل با دختر و پسری با نامهای یوکا «Yuka» و کاتا «Kouta» آشنا میشود. کاتا نام لوسی را «نیو» میگذارد. چون او به دلیل اصابت تیر به مغزش فقط قادر به گفتن کلمهی نیو بود. کاتا ایدهی مراقابت از آن دختر را به یوکا میدهد و او هم قبول میکند و آن دو از همه جا بیخبر لوسی را به خانه خود میبرند. در این بین سازمان سری مخفی کردن دیکلونیئوسها افرادی را مامور میکند تا لوسی را پیدا کنند. اما آنها موفق نمیشوند و این سازمان مجبور به آزاد کردن دیکلونیئوسهای دیگر میشود و….
