در ۱۶ مارس ۱۹۳۸، بارسلونا مورد بمباران هوایی قرار گرفت که به کشته شدن ۳۰۰۰ تن انجامید و دفتر باشگاه نیز از این بمباران در امان نماند.
ایتالیایی ها برای کمک به ژنرال فرانسیسکو فرانکو که توسط استقلال طلبان اسپانیا تحت فشار بود ، این بمباران را ترتیب دادند زیرا منطقه خودمختار کاتالونیا یکی از آخرین مناطق در اسپانیا بود که در برابر فرانکو مقاومت کرد. فرانکو متحد موسیلینی و هیتلر بود به همین دلیل آنها در اسپانیا از وی پشتیبانی می کردند به خصوص نیروی هوایی ایتالیا که یکی از وظایف اصلی اش حمایت از فرانکو بود.
کاتالونیا چند ماه بعد به تصرف درآمد. باشگاه به نماد نافرمانی کاتالانیسم تبدیل شد و در پیمحدودیتهای ایجاد شده اعضای آن به ۳٬۴۸۶ نفر کاهش یافت. پس از جنگ داخلی، پرچم کاتالونیا ممنوع اعلام شد و تیمها از استفاده از نامهای غیراسپانیایی نیز منبع شدند. این اقدام باشگاه را مجبور به تغییر نام به (به اسپانیایی: Club de Fútbol Barcelona) و حذف پرچم کاتالونیا از لباس تیم کرد. با این وجود هوداران بارسلونا در مسابقات این تیم آهنگ های کاتالانی میخوانند به خصوص در برابر تیم رئال مادرید که تیم مورد علاقه فرانکو بود این شعار ها بیشتر میشد و خیلی زود باشگاه بارسلونا به نمادی برای استقلال طلبی کاتالونیا تبدیل شد.
در سال ۱۹۷۴ پس از اینکه فرانکو بیمار شد ، او را مجبور به کناره گیری از ریاست دولت کردند و پس از آن پرچم کاتالونیا به نماد باشگاه بارسلونا اضافه شد.