بکن باوئر در سال ۱۹۸۴ بدون داشتن هرگونه مدرکى در عرصه مربیگری، هدایت تیم ملی بحرانزده آلمان را برعهده گرفت. او همواره در پاسخ به منتقدان خود این پرسش را مطرح میکرد: «استادان دانشکده ورزش مثلا مىخواهند چه چیزی به من یاد بدهند؟!»
تیم ملى فوتبال آلمان با هدایت بکنباوئر دو بار پیاپى به فینال جام جهانى راه پیدا کرد: اولین بار در سال ۱۹۸۶ در مکزیک که شاگردان او ۳ بر ۲ از آرژانتین شکست خوردند و دومین بار در سال ۱۹۹۰ در ایتالیا، باز هم در برابر آرژانتین که اینبار آلمان پیروز میدان را ترک کرد و براى سومین بار قهرمان جهان شد.
یکی از صحنههای به یادماندنی جام جهانی ۱۹۹۰، دقایق پس از به صدا درآمدن سوت پایان فینال و پیروزی آلمان بود. در حالیکه بازیکنان آلمان لحظهای آرام و قرار نداشتند و با شادی بیحسابی این پیروزی را جشن میگرفتند، بکنباوئر با چهرهای متفکر به تنهایی بر روی چمن استادیوم المپیک رم مشغول قدم زدن بود.