مؤسسه خیریه مسی
را روی درمان سرطان خون کودکان گذاشته است. این مؤسسه بسیار مجهز که در بیمارستان سنت‌خوان دو دئو بنا شده، یکی از مجهزترین مراکز درمانی است که گفته می‌شود بزرگترین مرکز درمانی مراقبتی از کودکانی است که به سرطان مبتلا شده‌اند. گفته می‌شود هزینه اولیه برای راه‌اندازی این مرکز درمانی ۳۰ میلیون پوند بوده و قرار است به زودی و در سال ۲۰۲۰ فاز دوم این مرکز هم راه‌اندازی شود.
المپیک خاص کاتالونیا
یکی دیگر از کارهای مؤسسه خیریه مسی راه‌اندازی مسابقات ورزشی برای کودکان معلول است. به همین خاطر از سال ۲۰۱۴ به این طرف بازی‌های المپیک کودکان خاص در کاتالونیا با کمک مالی مستقیم این مؤسسه برگزار می‌شود. به نظر مسی، انجام فعالیت‌های ورزشی، ورود به زندگی اجتماعی و بهبود کیفیت زندگی برای کودکان معلول اهمیت بسیار زیادی دارد. هر ساله هم خود مسی برنامه اش را طوری می‌چیند که بتواند در روزهایی که این رقابت برگزار می‌شود حضور داشته باشد.
مؤسسه خوسپ کارراس
همین امسال لیونل مسی همکاری اش با مؤسسه خوسپ کارراس که روی بیماری «لوسمی» در کودکان تحقیق می‌کند، شروع کرده است. او با وعده اینکه «هیچ کودکی به لوسمی دچار نشود» قول داده هزینه‌های مالی مربوط به این مؤسسه تحقیقاتی را بپردازد. هدف اصلی این مؤسسه تحقیقاتی، آزمایش روی گونه‌های خاصی از لوسمی است که در کودکان زیر یک سال بروز می‌کند. همکاری مالی مسی با این مؤسسه طی قراردادی دو ساله امضا شده و دست‌کم در دو سال پیش‌رو این مؤسسه مشکل مالی برای به نتیجه رساندن تحقیقاتش ندارد.
پروژه رابدومیوسارکوم
مؤسسه خیریه مسی جدیداً تحقیقاتش روی نوعی تومور که در یک بازه زمانی ۴ ساله نوجوانان و بزرگسالان را درگیر می‌کند هم شروع کرده است. مسی با اختصاص هزینه‌ای ۲۰۰ هزار پوندی به بیمارستان سنت‌خوان، کمک کرده فاز اول این تحقیقات کلید بخورد. هدف این است که اولین کلینیک تخصصی برای این نوع خاص بیماری هم به زودی تأسیس شود.
یونیسف
علاوه بر مؤسسه خیریه خودش، مسی از سال ۲۰۱۰ سفیر جهانی یونیسف شده هرچند که او به‌طور رسمی از سال ۲۰۰۴ کارش با این مؤسسه را شروع کرده بود. در طول این مدت او بارها به افراد بی‌بضاعت از طریق همین مؤسسه کمک‌هایی داشته است. سال ۲۰۱۰ لئو بعد از زلزله ویران‌کننده هائیتی به این کشور سفر کرد و کمک‌هایش را هم ارسال کرد. سه سال بعد در چارچوب همین برنامه‌های یونیسف او به بانکوک سفر کرد تا با کودکان معلول دیدار و با آن‌ها فوتبال بازی کند.
او در این سفر هم‌تیمی قدیمی اش در بارسلونا یعنی خوسه مانوئل پینتو را هم داشت. در سال ۲۰۱۵ هم مسی به یونیسف کمک مالی زیادی کرد تا بعد از زلزله‌ای که این کشور را درگیر کرد چندین و چند مرکز بهداشتی در این کشور ساخته شود. همان سال او ۳۱۵ هزار پوند دیگر به مؤسسه اسپانیایی کودکان نیازمند که معادل کارهای یونیسف را انجام می‌داد کمک کرد. سال ۲۰۱۶ هم مؤسسه خیریه مسی طرح «بازگشت به تحصیل» را رقم زد تا به کودکانی که درگیر جنگ شده‌اند و از مدرسه بازمانده‌اند کمک کند دوباره تحصیل کنند. در این بین او کلاس‌های درس بسیار زیادی را در کشورهای جنگ‌زده ساخت. مؤسسه مسی همچنین با کمک ۲۰۰ هزار پوندی پمپ آبی در کنیا ساخت تا مانع از رشد بیماری بیشتر کودکانی شود که به دلیل خوردن آب ناسالم دچارش شده بودند.
