Navanethem Pillay، قاضی دادگاه جزایی بینالمللی رواندا در سال ۱۹۹۸ گفت: «از دوران بسیار قدیم، تجاوز جنسی به عنوان یکی از غنیمتهای جنگی در نظر گرفته میشدهاست و هماکنون یک جنایت جنگی است. ما برآن هستیم که با پیامی محکم اعلام کنیم که، تجاوز جنسی دیگر غنیمت جنگی نیست.»
تجاوز در زمان جنگ به دورهٔ باستان برمیگردد و آن قدر قدیمی است که در کتاب مقدس از آن نام برده شده باشد. گزارش شدهاست که ارتش اسرائیلیها، یونانیها و رومیها مرتکب تجاوز در جنگ میشدند. مغولها که امپراتوری مغول را در سراسر اوراسیا تأسیس کردند، ویرانی فراوانی را در طول تاخت و تازهایشان به بار آوردند. مدارکی که در طول حکومت چنگیز خان و پس از آن نوشته شدهاست میگویند که پس از پیروزی، سربازان مغول دست به غارت، چپاول و تجاوز میزدند. راجریوس، یک راهب که از تهاجم مغولها به مجارستان جان به در برده بود علاوه بر عنصر قتلعام در جریان آن اشغال، بهخصوص به این اشاره کردهاست که مغولها از تحقیر زنان لذت میبردند. تجاوز سازمان یافته به بیش از ۸۰٬۰۰۰ زن در طول ۶ هفته کشتار نانجینگ توسط سربازان ژاپنی مثالی از سبعیتهایی این چنینی است. در طول جنگ جهانی دوم تقریباً ۲۰۰٬۰۰۰ زن چینی و کرهای اصطلاحاً به عنوان «زنان آسودگی» مجبور به تنفروشی در روسپی خانههای ارتش ژاپن شدند. نیروهای مراکشی فرانسه که معروف به گومیرها بودند در طول نبرد مونت کاسینو مرتکب تجاوز و سایر جنایات جنگی شدند (به مروکیناته مراجعه کنید). تجاوز به زنان طی اشغال آلمان یکی از بزرگترین رویداد های تجاوز جنسی در تاریخ است که پس از ورود و اشغال کشور آلمان بدست نیروهای متفقین اتفاق افتاد. این تجاوزها هم در دورانی که نیروهای متفق سعی در اشغال آلمان داشتند هم در طی دوران اشغال آلمان اتفاق افتاد.بیشتر این تجاوزها که گزارش شدهاند بدست نظامیان ارتش شوروی انجام گرفتند. شمار این تجاوزها را بین صدها هزار تا ۲ میلیون تخمین زدهاند. هم اکنون این رقم که به شدت مورد بحث است، از شمار اندک پروندههای پزشکی که حفظ شدهاند به دست آمدهاست. تجاوز سرنوشت زنان در خانوادهها را در سراسر برلین تحت تأثیر قرار داده بود. پس از پایان جنگ به زنان بین سنین ۱۵ و ۵۵ سال آلمانی دستور داده شد برای تشخیص بیماریهای مقاربتی معاینه شوند. تعدادی که اغلب نقل میشود در حدود ۱۰۰ هزار زن در برلین و دو میلیون در خاک آلمان است. تجاوز توسط سربازان در دیگر مناطقی که توسط ارتش سرخ تصرف میشد نیز رایج بود و جنایات مشابهی در سایر مناطق آزاد شده رخ داد و تجاوز به زنان یوگسلاوی، لهستانی، لیتوانیایی، استونیایی، لتونیایی به خوبی شناخته شده است.ووک پریشیچ، روزنامهنگار صربستانی درباره این تجاوزها گفت: تجاوزها به شدت وحشیانه، تحت تأثیر الکل و معمولاً توسط گروهی از سربازان بود. سربازان شوروی به این واقعیت توجه نکردند که صربستان متحد آنها بود و شکی نیست که فرماندهی عالی شوروی تلویحاً تجاوز جنسی را تأیید کرد» استالین در جواب تیتو که از او خواست تا موج تجاوز به زنان یوگسلاوی را متوقف کند گفت: «سربازان بچههای جوانی هستند، جنگ را پشت سر گذاشتهاند و به کمی استراحت نیاز دارند». درگیری با تیتو بعدها عمیق تر شد.
ادعا شدهاست که در جریان جنگ استقلال بنگلادش به تقریباً ۲۰۰٬۰۰۰ زن توسط نیروی زمینی پاکستان تجاوز شد (گرچه این موضوع توسط بسیاری از جمله استاد سارمیلا باس به چالش کشیده شدهاست)، و حداقل ۲۰٬۰۰۰ زن مسلمان بوسنیایی در جنگ بوسنی توسط نیروهای صرب مورد تجاوز قرار گرفتند. تبلیغات زمان جنگ معمولاً مدعی بدرفتاری با جمعیت غیرنظامی است و در مورد آن اغراق میکند و ادعای تجاوز در این میان نقشی برجسته دارد. در نتیجه غالباً هم از نظر عملی و هم از جهت سیاسی بسیار دشوار است که تصویری صحیح از آنچه واقعاً رخ دادهاست، به دست آورد. یونیسف در مورد تجاوز به زنان و کودکان در مناطق اخیر درگیر مناقشه در آفریقا عنوان کردهاست که دیگر تنها جنگجویان مرتکب تجاوز نمیشوند، بلکه غیرنظامیها هم دست به تجاوز میزنند. به عقیده یونیسف تجاوز در کشورهایی که تحت تأثیر جنگ یا بلایای طبیعی هستند معمول است که پیوند میان رویداد خشونت جنسی و ریشه کن شدن عمیق بنیانهای جامعه و فروریختن هنجارهای اجتماعی را نشان میدهد. به نظر یونیسف تجاوز در مناطق درگیر مناقشه در سودان، چاد و جمهوری دموکراتیک کنگو شایع است. تخمین زده شدهاست که بیش از ۲۰۰٬۰۰۰ زن که امروزه در جمهوری دموکراتیک کنگو زندگی میکنند در درگیریهای اخیر مورد تجاوز قرار گرفتهاند. بعضی تخمین میزنند که تقریباً ۶۰٪ از جنگجویان در کنگو آلوده به HIV هستند.
در ۱۹۹۸، دادگاه کیفری بینالمللی مربوط به روآندا دریافت، در جریان کشتار دستهجمعی در این کشور، از تجاوز سازمانیافتهاستفاده شدهاست. این دادگاه دریافت که تجاوز جنسی در روآندا، جزء لاینفکِ فرایند نابود کردن گروه قومی «توتسی» (Tutsi) در این کشور بودهاست، ضمن آنکه تجاوزات به شکل سازمان یافته انجام گرفته و شدت تجاوز به زنان «توتسی» به حدی گسترده بودهاست که خود به پروندهای ویژه برای رسیدگی نیاز دارد. برآورد شدهاست که ۵۰۰ هزار نفر از زنان در جریان قتلعام ۱۹۹۴ روآندا مورد تجاوز قرار گرفتهاند. دادگاه کیفری بینالمللی، تجاوز، بردگی و اسارتِ جنسی، تنفروشی اجباری، بارداری تحمیلی، عقیمسازی زوری، یا هر نوع خشونت جنسی نظیر اینها را، در صورتی که عمل مزبور بخشی از یک عمل گسترده یا سازمانیافته باشد، به عنوان جنایت علیه بشریت تشخیص دادهاست. تجاوز جنسی نخستین بار زمانی به عنوان جنایت علیه بشریت شناخته شد که، دادگاه کیفری بینالمللی حکم بازداشت برخی افراد را بر مبنای قرارداد ژنو و به دلیل نقض قوانین و مقررات جنگ در کشور یوگسلاوی سابق صادر کرد. به ویژه، از آن روی چنین موضعی اتخاذ شد که زنان مسلمان در شهر فوکا (Foca، در جنوب شرقی بوسنی و هرزگوین)، بعد از اشغال شهر در آوریل ۱۹۹۲، تحت اسارت، شکنجه، و تجاوزهای دستهجمعی گسترده و سازمانیافتهٔ سربازان صربِ بوسنی و هرزگوین، مأموران پلیس و اعضای گروهای شبهنظامی قرار گرفته بودند.تنظیم چنین کیفرخواستی اهمیت قانونی زیادی داشت و برای نخستین بار بود که تجاوزهای جنسی این چنینی، به عنوان جنایت علیه بشریت، مورد دادرسی و پیگرد قانونی قرار میگرفتند. این کیفرخواست در سال ۲۰۰۱ با رأی هیئتمنصفهٔ دادگاه کیفری بینالمللی در مورد یوگسلاوی سابق به تأیید رسید و بر مبنای آن، به بردگی گرفتن و تجاوز جنسی جنایت علیه بشریت اعلام شد. عفو بینالملل نیز اعلام داشت که این حکم، برداشت رایجی را که شکنجه و تجاوز به زنان را بخش ذاتی و اجتنابناپذیر جنگ میداند، به چالش میگیرد.