آنچلوتی در ابتدای ژوئیه ۲۰۱۶ به عنوان سرمربی بایرن مونیخ انتخاب شد و تا اواخر سپتامبر ۲۰۱۷ روی نیمکت بایرن مونیخ نشست. جالب این‌که قبل از این‌که آنچلوتی سرمربی بایرن مونیخ شود، گواردیولا سرمربی بایرن مونیخ بود! گواردیولا از ابتدای ژوئیه ۲۰۱۳ تا پایان ژوئن ۲۰۱۶ سرمربی بایرن مونیخ بود.