بارسلونا بی
گواردیولا در ۲۱ ژوئن سال ۲۰۰۷، به همراه تیتو ویلانوا به عنوان دستیار او، سرمربی تیم بی بارسلونا شد. تحت هدایت او، تیم صدرنشین لیگ دسته۳ فوتبال اسپانیا شد و به سگوندا دویژن یا لیگ دوم اسپانیا صعود کرد که نشان از پیشرفت تیم بود. گواردیولا در ۲۱ ژوئن ۲۰۰۷ از سوی خوان لاپورتا به مربی گری بارسا برگزیده شد.
بارسلونا
دوران مربیگری وی با جدایی رونالدینیو، دکو، جیانلوکا زامبروتا، جیووانی، ادمیلسون، اوله گر و سانتیاگو از که رو و پیوستن دنی آلوز، سیدو کیتا، مارتین کاسرس و جرارد پیکه به بارسا همراه بود.
اولین حضور گواردیولا به عنوان مربی در تیم بارسلونا در سومین دور مقدماتی جام باشگاههای اروپا (۹–۲۰۰۸) برابر تیم ویسلا کراکوو لهستان بود که با چهار گل به سود بارسا خاتمه یافت.
گواردیولا در بارسلونا دورانی طلایی را رقم زد سه قهرمانی در چهار فصل لالیگا و دو قهرمانی و دو بار رسیدن به نیمهنهایی در چهار فصل لیگ قهرمانان اروپا از افتخارات پپ در بارسلونا بود. دو بار قهرمانی در سوپر کاپ اروپا و دو بار قهرمانی در جام باشگاههای جهان و همینطور ۱۰ برد در الکلاسیکوها که بهترینشان برد ۶–۲ و ۰–۵ بود. گواردیولا صاحب یک رکورد تاریخی برای خودش و بارسلون است که هیچکس به این مهم دست نیافته، او در فصل۰۹—۲۰۰۸ موفق شد با بارسلون در یک فصل تمامی جامهای ممکن را که به ۶ گانه معروف هستند تصاحب کند. گواردیولا در فصل ۱۱_۲۰۱۰ پنجگانه را کسب کرد، لوییس انریکه در فصل ۱۵—۲۰۱۴ موفق شد بارسا را به رکورد ۵ گانه پپ برساند.
پپ گواردیولا در نهایت پس از کسب چهارده جام قهرمانی در چهار سال بارسلونا را ترک کرد.[۱۴]
بایرن مونیخ
گواردیولا پس از جدایی از بارسلونا در ۱۶ ژانویه ۲۰۱۳ با قراردادی ۳ ساله به بایرن مونیخ پیوست.[۱۵] وی از ژوئیه ۲۰۱۳ کار خود در بایرن مونیخ آغاز کرد.[۱۶]
او در ابتدای کارش در بایرن مونیخ قهرمان سوپر کاپ اروپا و جام باشگاههای جهان شد.[۱۷][۱۸]
در فصل ۲۰۱۳_۱۴ و در اولین حضور او در بایرن مونیخ همگی از او انتظار افتخارات فصل پیش را داشتند و پپ نیز پس از یکسال دوری از فوتبال با انگیزه بازگشته بود. یوپ هاینکس در فصل ۲۰۱۲_۱۳ قهرمانی بوندسلیگا، جام حذفی آلمان و لیگ قهرمانان اروپا را بهدست آورده بود به همین دلیل در ابتدای فصل پپ باید برای سوپرجام اروپا، سوپر جام فوتبال آلمان و جام باشگاههای جهان تلاش میکرد.
پیروزی بر چلسی در ضربات پنالتی قهرمانی این تیم را در سوپرکاپ اروپا به ارمغان آورد تا پپ بتواند شاهکار یوپ هاینکس در اروپا را با این جام و پس از آن با جام باشگاههای جهان تکمیل کند. اما باخت به بورسیا دورتموند در سوپر جام فوتبال آلمان اولین ناکامی پپ را بهوجود آورد. او در ادامهٔ این فصل ۷ هفته پیش از پایان بوندسلیگا خود را مسجل کرد و با پیروزی بر بورسیا دورتموند در جام حذفی، دو گانهٔ داخلی را به بایرن مونیخ هدیه کرد. کاری که یوپ هاینکس در فصل پیش انجام داد و پپ این کار را تکرار کرد تا سلطهٔ بایرن مونیخ با دو بار قهرمانی در هر دو جام داخلی به نمایش در بیاید. اما پپ در لیگ قهرمانان اروپا ناکام شد. باخت ۵_۰ به رئال مادرید در نیمه نهایی لیگ قهرمانان اروپا، کاری کرد تا سه گانهٔ یوپ هاینکس تکرار نشود و پپ با همین دو جام ممکن فصل ۲۰۱۳_۱۴ را به پایان برساند.
البته دو جام سوپرکاپ اروپا و جام باشگاههای جهان جز افتخارات پپ حساب میشود اما این دو جام مربوط به فصل ۲۰۱۲_۱۳ بوده و بنیانگذار آن یوپ هاینکس بودهاست. آنها در سوپر جام فوتبال آلمان ۲۰۱۴ هم مقابل بورسیا دورتموند شکست خوردند تا بایرن مونیخ و پپ در سال ۲۰۱۴ از ۶ جام ممکن تنها ۲ جام را بهدست بیاورد در حالی که در سال ۲۰۱۳ از ۶ جام ۵ جام بهدست آمد که ۳ تای آن کار یوپ هاینکس و ۲ تای دیگر لقمهٔ آماده برای پپ بود. همین امر باعث ماندن سایهٔ یوپ بر سر پپ شد. در فصل بعد یعنی ۲۰۱۴_۱۵، بایرن عملکرد بسیار ضعیفی نسبت به فصل قبل و فصل قبل تر داشت. قهرمانی بوندسلیگا تنها دستآورد پپ در این سال بود. آنها در جام حذفی آلمان در مرحلهٔ نیمه نهایی مغلوب بورسیا دورتموند شدند، در نیمه نهایی لیگ قهرمانان اروپا مقابل بارسلونا شکست خوردند و در سوپر جام فوتبال آلمان در مقابل وولفسبورگ متحمل شکست شدند تا کار پپ در این تیم سخت شود. ناکامی پپ و تنها بهدست آوردن یک جام باعث زمزمههای رفتن او شد. مصدومان فراوان از جمله آرین روبن و فرانک ریبری، در انتهای فصل کار را برای بایرن مونیخ دشوار کرد تا جایی که در لیگ قهرمانان اروپا موفقیتی کسب نکردند.
اما فصل ۲۰۱۵_۱۶ برای بایرن مونیخ رؤیایی آغاز شد. پیروزیهای پرگل و پیاپی این تیم ندای یک فصل خوب را میداد که در اواخر فصل اینگونه نشد. در اواخر فصل گفته شد که پپ در فصل بعد از تیم جدا شده و به سیتی میپیوندد. به همین دلیل آنچلوتی با بایرن مونیخ به توافق رسید که تا فصل آینده آنچلوتی با سابقه و پر افتخار هدایت بایرن را بر عهده بگیرد. وجود این اتفاقات نظم را در این باشگاه از بین برد ولی پپ قول داد که در شرایطی این باشگاه را ترک میکند نتایج خوبی گرفتهباشد، اما شرایط اینگونه پیش نرفت. اتلتیکو مادرید در نیمه نهایی لیگ قهرمانان اروپا بایرن را شکست داد تا پپ گواردیولا با سه حذف از سه فصل حضور در لیگ قهرمانان، این باشگاه را ترک کند. سه فصل ۲۰۱۳_۱۴، ۲۰۱۴_۱۵ و ۲۰۱۵_۱۶ و حذف در مقابل سه تیم اسپانیایی رئال مادرید، بارسلونا و اتلتیکو مادرید، هر سه در مرحلهٔ نیمه نهایی لیگ قهرمانان اروپا قهرمانی او در بوندسلیگا آمار او در این لیگ را خوب توصیف کرد. سه قهرمانی در این سه فصل عملکرد او در بوندسلیگا بود که به گفتهٔ منتقدان، این کار را هر شخص دیگری هم میتوانست انجام دهد؛ و سکانس آخر پپ در بایرن قهرمانی این تیم در جام حذفی آلمان بود. دو قهرمانی در سه فصل حضور عملکرد قابل قبولی برای گواردیولا بوده. در طرف دیگر قضیه سه باخت درسوپر جام فوتبال آلمان و بهدست نیاوردن حتی یک جام در این رقابتها به کارنامهٔ پپ لطمه زد.
به این ترتیب گواردیولا بایرن را با سه قهرمانی بوندسلیگا، دو قهرمانی جام حذفی فوتبال آلمان، یک قهرمانی سوپرکاپ اروپا، و یک قهرمانی جام باشگاههای جهان به مقصد منچستر سیتی ترک کرد.
منچستر سیتی
او در فصل ۲۰۱۶_۲۰۱۷ موفق به کسب هیچ جامی در منچستر سیتی نشد.
پپ گواردیولا موفق شد در فصل ۲۰۱۷–۲۰۱۸ تیم منچستر سیتی را به قهرمانی لیگ جزیره برساند و رکورد امتیازگیری یک فصل را در تاریخ لیگ جزیره بشکند. در فصل ۱۹–۲۰۱۸ او مجدداً با تیم منچستر سیتی توانست با کسب ۹۸ امتیاز و با اختلاف یک امتیاز با تیم دوم یعنی باشگاه فوتبال لیورپول فاتح لیگ جزیره شود. گواردیولا با سیتی فصل ۲۰—۲۰۱۹ را به لیورپول واگذار کرد تا برای نخستین بار جام لیگ برتر (ورژن جدید) از منچستر به آنفیلد برود. اما در فصل ۲۱—۲۰۲۰ گواردیولا بار دیگر نشان داد سیتی بی جهت به او اعتماد نکرده. وی توانست جام را از لیورپول پس گرفته دوباره به بام لیگ برتر برسد این در حالی بود که سیتی را تا یک قدمی لیگ قهرمانان پیش برد ولی قافیه را به چلسی واگذار کرد. گواردیولا فقط به ۳ قهرمانی لیگ برتر بسنده نکرده او از سال۲۰۱۷ تا ۲۰۲۱ یک جام حذفی، چهار جام اتحادیه و دو جام خیریه را نیز برای سیتی به ارمغان آوردهاست، او در فصل ۲۳–۲۰۲۲ منچستر سیتی را برای نخستین بار به قهرمانی لیگ قهرمانان اروپا رساند و اولین سه گانه و سپس با قهرمانی سوپرلیگ اروپا و جام باشگاههای جهان یک پنجگانه را با منچسترسیتی تکمیل کرد
و در فصل ۲۴-۲۰۲۳ پپ گواردیولا در یک چهارم نهایی در پنالتی ها توسط رئال مادرید متوقف شد اما در لیگ بایک پیروزی دیگر قهرمان میشود و در جام حذفی هم در فینال باید به مصاف منچستر یونایتد برود
.