در آغاز دهه ۱۹۹۰ میلادی، کنفدراسیون فوتبال آسیا تصمیم به برگزاری تورنمنت جدیدی در کنار جام باشگاههای آسیا گرفت؛ بدین ترتیب رقابتهای جام در جام آسیا با حضور قهرمانان جام حذفی کشورهای آسیایی رسماً تأسیس شد و به مدت ۱۲ فصل پیاپی برگزار گردید.جام در جام آسیا یک جام رسمی AFC بود که به تقلید از یوفا ساخته شده بود.این جام از هر نظر نه به اندازه ی جام باشگاه های آسیا ولی به قدر زیادی معتبر بود.این در حالی است که این جام از نظر سختی از جام باشگاه های آسیا سخت تر بوده ودر عین حال بیشتر تیم هایی هم که در آن شرکت می کرده اند از قدرت های قاره ی کهن به شمار می رفتند.این جام به قدری معتبر بود که قهرمان این جام با قهرمان جام باشگاه های آسیا در سوپر جام آسیا رقابت کرده و برنده به جام باشگاه های جهان می رفت.در این جام قهرمان جام حذفی بعضی کشور های آسیا به مسابقه می پرداختند.از بین تیم های ایرانی پرسپولیس در این جام قهرمان شد.آنها با پشت سر گذاشتن پنجاب پاکستان ، دو رویالز کره ی جنوبی ، الهلال عربستان و المحرق بحرین به قهرمانی رسیدند.پنجاب تیمی بسیار ضعیف بود،دو رویالز انصراف داد ، الهلال فوق العاده قوی بود و المحرق بحرین هم جزء قدرت های آسیا به شمار می رفت.تیم های دیگری از ایران هم رفتند اما هیچ کدام موفق نشدند اما پرسپولیس یک بار دیگر به فینال رسید اما مقابل یوکوهاما مارینوس ژاپن شکست خورد و به نایب قهرمانی بسنده کرد.پرسپولیس اما در رتبه ی سوم پر افتخار ترین تیم های این جام با النصر همسایه شد.در سال ۲۰۰۲ با تصمیم کنفدراسیون فوتبال آسیا مبنی بر تغییرات در ساختار رقابتهای باشگاهی آسیا، جام برندگان جام آسیا تعطیل و با جام باشگاههای آسیا ادغام شد و از سال ۲۰۰۳ ليگ قهرمانان آسیا را تشکیل دادند . از سال ۲۰۰۴ تورنمنت دیگری با نام ایافسی کاپ برای کشورهای سطح پایینتر و درجه دوم فوتبال در قاره آسیا شکل گرفت که در آن مسابقات، قهرمانان لیگ و جام حذفی این کشورها حضور مییابند.از جمله تیم های شرکت کننده ی ایرانی در این جام می توان به پرسپولیس ، استقلال، پاس،ملوان و فجر سپاسی اشاره کرد.
همچنین باشگاه الهلال عربستان و باشگاه یوکوهاما مارینوس ژاپن با کسب دو عنوان قهرمانی موفقترین تیمهای این رقابت به حساب میآید.