جواد نکونام در تاریخ 31 خرداد سال قبل و پس از یک پروسه زمان‌بر به عنوان سرمربی استقلال و جانشین ریکاردو ساپینتو انتخاب شد. موانعی بر سر راه دریافت مجوز نکونام وجود داشت که پس از تلاش های فراوان، او توانست به عنوان سرمربی تیم انتخاب شود اما در همان روزهای ابتدایی حضورش در این تیم بود که تغییرات مدیریتی در استقلال رخ داد و با استعفای حجت کریمی، این علی خطیر بود که به عنوان مدیرعامل جدید انتخاب شد.

اما از همان روزهای نخست بود که کشمکش میان سرمربی و مدیرعامل به وجود آمد و اختلافات میان طرفین علنی شد و نکونام رسماً و در مصاحبه‌های متعدد، علیه خطیر موضع گرفت تا اینکه برخی واسطه‌ها و چهره‌های غیرفوتبالی میانجی گری کرده و این دو نفر را با یکدیگر آشتی دادند. عمده اختلاف طرفین بر سر جذب بازیکن و رعایت سقف بودجه بود. با این حال دیری نپایید که دوباره روابط دو طرف شکراب شد و این بار با حکم اعضای هیئت مدیره، علی خطیر برکنار شد که این موضوع با خوشحالی و رضایت نکونام همراه شد و او این موضوع را رسما رسانه ای کرد.

در شرایطی که کمتر کسی انتظار داشت استقلال با داشته هایش بتواند برای قهرمانی بجنگد، اما تیم نکونام هفته های متوالی صدرنشین لیگ برتر بود اما در هفته بیست و هشتم، توقف بدموقع برابر نساجی باعث از دست رفتن صدر جدول شد و در نهایت نیز استقلال قهرمانی را از دست داد.

در شرایطی که در ابتدای فصل ابهامات زیادی درخصوص ادامه حضور نکونام در این تیم شنیده می شد، اما او در سمت خود به کارش ادامه داد و با وجود جذب بازیکنان خوب و باکیفیت، تیم او نتوانست درخشش فصل قبل را تکرار کند و در هفت دیدار، تنها صاحب دو پیروزی شده و در سه بازی نیز تن به شکست داد و سه مسابقه این تیم نیز با تساوی به پایان رسید.

جواد نکونام از زمانیکه هدایت استقلال را برعهده گرفت، در 38 مسابقه هدایت آبی پوشان را برعهده داشت که حاصل آن 21 پیروزی، دوازده مساوی و پنج شکست بود.

او در فصل قبل و در لیگ برتر تنها یک شکست را برابر سپاهان متحمل شد و در جام حذفی نیز با شکست مقابل مس رفسنجان از دور مسابقات کنار رفت.

اما تیم او امسال و ظرف مدت کوتاهی متحمل سه شکست برابر استقلال خوزستان، پرسپولیس و السد شد تا در نهایت نکونام مجبور به استعفا شود.

تیم او ظرف این مدت موفق به زدن 49 گل شد و 26 مرتبه نیز دروازه آبی پوشان باز شد و به طور کلی او آمار کسب 1.97 امتیاز در هر بازی را به ثبت برساند.

باشگاه استقلال با انتشار اطلاعیه ای، ضمن تأیید جدایی جواد نکونام، از انتخاب سرمربی خارجی در سریعترین زمان ممکن خبر داد تا دوران حضور نکونام در استقلال پس از 468 روز به پایان برسد.