کریم باقری در فصل 00-01 بازیکن باشگاه چارلتون در لیگ برتر انگلیس بود اما موفق نشد جایگاه ثابتی در ترکیب تیم پیدا کند. او تنها یک بازی رسمی در لیگ برتر برای چارلتون انجام داد که در تاریخ ۱۵ آوریل ۲۰۰۰ (۲۷ فروردین ۱۳۷۹) مقابل ایپسویچ تاون برگزار شد (ویدئو رو تماشا کنید). باقری در این بازی به عنوان بازیکن تعویضی وارد زمین شد و 18 دقیقه بازی کرد. چارلتون اتلتیک در آن فصل تحت هدایت آلن کربیشلی با قرار گرفتن در جایگاه سیزدهم جدول، در لیگ برتر باقی ماند. وجود یک مربی سنتی انگلیسی مثل کربیشلی که به بازیکنان بومی اعتماد بیشتری داشت، از دلایل عدم موفقیت باقری در انگلیس بود.
اگه حافظه درست یاری کنه، در اوایل این فصل لیگ برتر، پدر آقاکریم فوت میکنه و اون برای مدتی به ایران برمیگرده و تمرکزش رو از دست میده. چیزی که باعث میشه نتونه اونطور که باید و شاید شانسی تو لیگ برتر به دست بیاره.
تو ویکیپدیای انگلیسی کریم باقری، اشارهای به این مسئله پیدا میشه:
در آن زمان، باشگاههای انگلیسی به باقری علاقهمند بودند و باشگاه چارلتون اتلتیک از لیگ برتر انگلیس به سرعت او را با مبلغ اولیه ۴۰۰ هزار پوند از آرمینیا بیلفلد به خدمت گرفت. با این حال، درگذشت پدرش، دعوت شدن به تیم ملی (که در اون زمان خیلی اعتقادی به فیفادی نداشتن) و مصدومیتها باعث شد که نتواند فرصت زیادی برای بازی پیدا کند.
آلن کربیشلی، مربی او، دربارهٔ باقری گفت:
ما او را به عنوان جانشینی برای مارک کینسلا (بازیکن ایرلندی مطرح چارلتون با سابقه بیش از 200 بازی برای تیم) جذب کردیم. باقری یک هافبک دفاعی با فیزیک عالی و دید خوب برای گلزنی است. رکورد گلزنیاش باورنکردنی است؛ او تقریباً در هر دو بازی ملی یک گل زده که برای یک هافبک دستاورد شگفتانگیزی محسوب میشود. مشکل این بود که او هرگز در دوران حضورش در تیم ما از نظر جسمانی آماده نبود. پس از بازی مقابل ایپسویچ، برای بازی با تیم ملی ایران رفت و با مصدومیت کشاله ران برگشت. بعد از آن، دچار آسیب همسترینگ شد. سپس پدرش درگذشت و مجبور شد روز بعد به ایران بازگردد و سه هفته از ما دور ماند. بعد از بازگشت، دوباره دچار مصدومیت همسترینگ شد. این مشکلات یکی پس از دیگری رخ میداد. این واقعاً تأسفآور بود، زیرا او بازیکن توانمندی بود، همه ویژگیهای لازم را داشت و فوتبال انگلیس را بهخوبی درک میکرد. او جوانی خوشبرخورد بود و از همان روز اول سایر بازیکنان او را دوست داشتند. با اینکه انگلیسی صحبت نمیکرد، اما ارتباط خوبی با بقیه برقرار کرده بود و همتیمیهایش برایش احترام قائل بودند. او بازیکن توانایی بود و در ۱۲ بازی برای تیم ذخیرههای ما موفق شد ۶ گل بزند. اگر مصدوم نمیشد، شاید داستان متفاوتی برایش رقم میخورد. وقتی قرارداد قرضیاش به پایان رسید، پیش من آمد و گفت: «من اینجا را دوست داشتم، اما نتوانستم تواناییهایم را بهخوبی نشان دهم.» من متوجه شدهام که او برای تیم ملی ایران مرتب گل میزند و بازیکنی که او را در ضربات ایستگاهی مهار میکند، باید کاملاً هوشیار باشد، زیرا او زمانبندی بسیار خوبی برای ورود به محوطه جریمه از خط هافبک دارد.