ماجرای حضور پرسپولیس در دسته های پایین تر مربوط به سال های بسیار دور و زمانی است که هنوز این باشگاه بصورت حرفه ای فعالیت خود را آغاز نکرده بود.
در سال های ابتدایی تاسیس تیم (۱۳۴۳-۱۳۴۵) مدیریت باشگاه برای جذب بازیکنان مطرح اقدام خاصی را انجام نداده بود و این باشگاه بصورت نیمه حرفه ای و در لیگ دوم باشگاه های تهران حضور داشت.
در پایان سال ۱۳۴۵ قوانین لیگ ها و تعداد تیم های حاضر در گروه های لیگ های مختلف مقداری تغییر کرد و دسته سه و چهار هم به لیگ کشور اضافه شد. بدین ترتیب از بین ۳۵ تیمی که در دسته دوم بودند تعدادی از جمله پرسپولیس که در یک گروه هفت تیمی قرار داشت به همراه ۳ تیم دیگر (شفق-سعدیان-نیرو) راهی دسته سوم فوتبال باشگاه های تهران شدند.
سال ۱۳۴۶ پرسپولیس فوتبال را در دسته سه باشگاه های تهران شروع کرد و نتایج بسیار ضعیف این تیم را به قعر جدول نزدیک کرده بود. با حضور تعدادی از بازیکنان شاهین اوضاع تیم مناسب شد و برد های پرسپولیس افزایش یافت. در پایان همین فصل قوانین فوتبال و شرایط تیم ها برای حضور در دسته اول باشگاههای تهران تغییرات زیادی داشت که باعث شد چند تیم از دسته اول خارج شده و چند تیم از حضور در رقابت های دسته اول انصراف دادند.
پرسپولیس که به مرور صاحب اکثر بازیکنان شاخص تیم شاهین شده بود یک درخواست برای حضور در دسته اول باشگاههای تهران به فدراسیون داد که با توجه به شرایط، امکانات حرفه ای و بازیکنان شاخصی که تیم داشت با آن موافقت شد و فصل ۱۳۴۷ را پرسپولیس در دسته اول باشگاههای تهران آغاز کرد.