در تابستان ۱۳۷۶ (۱۹۹۷ میلادی) باقری به همراه علی دایی به تیم آرمینیا بیلهفلد پیوست. باقری در هفته دوم مسابقات بوندسلیگا مقابل اشتوتگارت؛ برای اولین بار، بازی در بوندس لیگا را تجربه کرد و در هفته بیستم مقابل کارلسروهه برای اولین بار گلزنی کرد. او در ۱۸ مسابقه برای آرمنیا بیله فلد به میدان رفت و ۳ گل به ثمر رساند. با پایان رقابتهای بوندسلیگا، باقری به همراه دایی در تیم آرمنیا بیله فلد به لیگ دسته دوم بوندسلیگا سقوط کرد. او در دومین فصل حضور در این تیم؛ در مسابقات لیگ دسته دوم بوندس لیگا، ۲۲ بار به میدان رفت و ۲ گل به ثمر رساند. پس از بازگشت آرمنیا بیلهفلد به لیگ دسته اول بوندس لیگا، باقری یک نیم فصل در این تیم باقیماند و مجدداً به پرسپولیس بازگشت. او پس از این تیم راهی فوتبال امارات شد.[۱۰]
چارلتون
کریم باقری در سال ۲۰۰۰ میلادی به صورت قرضی؛ به مدت نیم فصل برای باشگاه النصر امارات به میدان رفت و در مدت کوتاه حضور در این تیم اماراتی بازیهای خوبی انجام داد. در همین زمان عملکرد باقری مورد توجه چارلتون انگلیس قرار گرفت و او به عنوان اولین بازیکن آسیایی راهی لیگ برتر جزیره شد