طرفداری- به گزارش گل، هافبک با استعداد آلمانی در سال 2013 طی یک قراردادی 4 سال و با مبلغ 37 میلیون یورو پس از 12 سال حضور در دورتموند، راهی مونیخ شد. وی پس از ملحق شدن به بایرن مونیخ با مشکلاتی رو به رو بود، از جمله مصدومیت و همینطور رقابت با دیگر بازیکن برای بازی در تیم اصلی بایرن زیر نظر پپ گواردیولا. با این حال، او فصل پس از پایان فصل 2013/14 به همراه تیم ملی آلمان راهی چام جهانی شد و موفق شد در دیدار نهایی گل قهرمانی کشورش را به ثمر برساند.
گوتزه در گفت و گو با ESPN می گوید: "سال اول من در مونیخ قطعا آسان نبود. هنگامی که من به اینجا آمدم بایرن سه گانه را کسب کرده بود. من مصدوم شدم، پس از آن دو بازی انجام دادم و در دیدار سوم دوباره مصدوم شدم. من مدت سه تا چهار ماه را در یک هتل زندگی می کردم. تنظیم کردن زندگی پس از خروج از دورتموند در اینجا دشوار بود. اما فکر می کنم در حال حاضر به خوبی با آن سازگار شده ام.
نمی خواهم بگویم خیلی تغییر کرده ام، اما به نسبت 18 ماه پیش در وضعیت بهتری قرار دارم. به خصوص از لحاظ قدرت بدنی وضعیت بسیار خوبی دارم که در فوتبال بسیار اهمیت دارد. بسیاری از کارها هستند که می خواهم آن ها را انجام دهم. می خواهم همیشه در اینجا بهبود و توسعه پیدا کنم. پپ گواردیولا یک مربی مناسب برای رسیدن به این اهداف است."