دکتر مولربعد از باخت چهارشنبه شب باواریایی‌ها مقابل پورتو پرتغال در مرحله یک‌چهارم پایانی لیگ قهرمانان باشگاه‌های اروپا تصمیم گرفت از سمت خود کناره‌گیری کند. "بیلد" نوشت اتفاقات رخ داده در رختکن بایرن عامل این تصمیم دکتر مولر بوده است. بعد از پایان بازی مقابل پورتو گفتگویی بین مولر وولفارت و کارل هاینس رومنیگه انجام شد که موضوع آن بازیکنان مصدوم بایرن بودند که چرا بازگشتشان به درازا کشیده است. بایرن مجبور بود برای این مسابقه از روبن، ریبری، آلابا، شواین‌اشتایگر، مارتینز و بن‌عطیه چشم‌پوشی کند. پیش از آن هم بین دکتر مولر و پپ گواردیولا بر سر موضوع فرانک ریبری مشاجره پیش آمده بود. این بازیکن فرانسوی در بازی مقابل شاختار دونتسک از ناحیه قوزک پا مصدوم شد ولی مصدومتیش شدید نبود و باید بعد از حداکثر یک هفته به میادین بازمی‌گشت. آن موقع در مورد اینکه ریبری به کمک آمپول سریعتر خودش را به بازی‌های بعدی برساند، بین مسئولان و کادر فنی و پزشکان بایرن اختلاف نظر جدی وجود داشت.