فصل 90/91 هاینکس نتوانست برای بایرن جام بیاورد .
با رفتن یوپ هینكس در فصل ۹۲-،۱۹۹۱ سورن لربی جای او را گرفت، اما این برای بایرن فایده ای نداشت و او نیز بایرن را ترك كرد تا اریش ریبك جای او را بگیرد. فرانتس بكن باوئر و كارل هاینزرومینیگه ابراز تمایل كردند تا به تیم كمك كنند. در فصل ۹۴-۱۹۹۳ قیصر پا به عرصه گذاشت و خود به جای ریبك، مربیگری تیم را بر عهده گرفت تا بایرن را به قهرمانی بوندس لیگا برساند. پس از آن دوران تراپ فرا رسید و با وجود این كه او محبوب هواداران و رسانه ها بود، نتوانست موفقیتی كه پیش بینی می شد را برای بایرن به ارمغان آورد.
تیم در فصل ۹۵-۱۹۹۴ در جای ششم ایستاد و در نیمه نهایی جام قهرمانان مغلوب آژاكس شد. تراپ اخراج شد و اوتو ره هاگل جای او را گرفت و ستارگانی چون یورگن كلینزمن، آندریاس هرتزوگ و سیریاكو اسفورتزا را به تیم آورد، اما او نیز در میانه فصل مجبور به ترك باشگاه شد و باز هم فرانتس زمام امور را به دست گرفت. آنها به دیدار نیمه نهایی جام یوفا كه هرگز آن را فتح نكرده بودند رسیدند و زمانی كه در المپیك مونیخ دو بر دو با بارسلون مساوی كردند همه فكر كردند كه دوران قیصر و بایرن به سر رسیده و كار این تیم تمام است اما این طور نشد. در شانزدهم آوریل ۱۹۹۶ بایرن با دو گل دیرهنگام ماركوس بابل و ویتزك در نیوكمپ موفق به شكست بارسلون شد و به دیدار نهایی راه یافت.
در بازی نهایی جام یوفا بایرن در مجموع بازی های رفت و برگشت، پنج بر یك بوردوی فرانسه را كه ستارگانی چون زیدان و لیزارازو را در اختیار داشت، شكست داد و برای نخستین بار فاتح این جام شد كه جز معدود تیم هایی باشد كه هر سه جام معتبر اروپایی را فتح كرده .
در سال ۱۹۹۷ تراپ باز هم به بایرن ملحق شد و در طول دو سالی كه در آنجا بود یك قهرمانی بوندس لیگا و یك جام حذفی برای بایرن به ارمغان آورد. پس از او مربی موفق دورتموند، اوتمار هیتزفلد به تیم آمد و به ركورد جاودانه پانزده برد پیاپی در بوندس لیگا دست یافت. بایرن به همراه هیتزفلد تا فتح جام قهرمانان پیش رفت ولی در دیدار نهایی با دو گل لحظات پایانی شرینگهام و سولشیائر دو بر یك مغلوب منچستر خوش شانس شد و نتوانست این جام را پس از بیست و سه سال بار دیگر فتح كند.
