بیوگرافی او سومین پسر از چهار پسر راشد بن سعید آل مکتوم است. مادر او شیخه لطیفه بنت حمدان آل نهیان (دختر شیخ حمدان بن زید آل نهیان، حاکم ابوظبی) است. وی از چهار سالگی به طور خصوصی زبان عربی و تعلیمات اسلامی را آموخت. سپس تحصیلات ابتدائی را در مدرسه الاحمدیه در دیره گذراند. در ده سالگی به مدرسه الشعب رفت و دو سال بعد به مدرسه متوسطه دبی رفت. پدربزرگ شیخ محمد در تاریخ دوم سپتامبر ۱۹۵۸ فوت کرد و پدرش به جای او حاکم دبی شد و از آن پس تمهیدات ویژه‌ای را برای آماده‌سازی محمد برای ورود به حکومت در آینده به کار گرفت. در اوت ۱۹۶۸ شیخ محمد بهمراه عموزاده اش شیخ محمد بن خلیفه آل مکتوم به لندن عزیمت کرد و در مدرسه زبان بل در شهر کمبریج ثبت نام کرد تا زبان انگلیسی بیاموزد. پروژه‌های عمرانی متعددی زیر نظر وی در دبی اجرا شده‌است که از جمله آنها می‌توان به جزیره‌های نخلی دبی، برج العرب و برج خلیفه اشاره کرد. در جهان عرب شیخ محمد به اعتقاد و حمایت از حقوق زنان و جنبشهای فمینیستی معروف است. او بر این باور است که توسعه همه‌جانبه جامعه را باید از احقاق حقوق زنان و برابر دانستن و برابر ساختن آنان با مردان آغاز کرد. در سال ۱۳۸۵ برای نخستین بار در کشور امارات متحده عربی انتخابات پارلمانی برگزار گردید و طی آن با حمایت شیخ محمد، حاکم دبی، و فعالین بنیاد زنان امارات از کاندیداهای زن، نه تن از اعضای کارزار تغییر برای برابری در امارات متحده عربی (بنیاد زنان دبی) وارد پارلمان کشورشان شدند. املاک و شرکت های تجاری شرکت هواپیمایی امارات - دی‌پی ورلد - برج العرب - شهر اینترنت و شهر رسانه دبی - جزایر نخل - برج خلیفه در تاریخ جوئن ۲۰۱۰ ثروت وی ۱۹ میلیارد و هفتصد میلیون دلار تخمین زده می‌شود.