۶۵–۱۹۰۰ (سالهای ابتدایی)
بایرن مونیخ در سال ۱۹۰۰ توسط یازده بازیکن فوتبال و به رهبری فرانتس یوهن تاسیس شد.و در مدت چند ماه موفق شد که در برابر تمام رقبای محلی پیروزی به دست بیاورد و به نیمه نهایی رقابتهای قهرمانی جنوب آلمان راه پیدا کند در سال ۱۹۰۷ شیرازه یک تیم واقعی شکل گرفت و بایرن مونیخ به زمین اختصاصی خود در مونیخ و در خیابان لئوپولد رفت و تیم رقیب محلی یعنی اف ث واکر را در روز افتتاحیه هشت بر یک شکست داد. بایرن مونیخ در سطح شهر مونیخ به یک تیم پرطرفدار تبدیل شد و در سال ۱۹۱۰ قهرمان لیگ منطقه ای باواریا شد. در سال پس از آن نیز بایرنی‌ها بدون شکست از عنوان خود دفاع کردند
در سال ۱۹۱۴ با آغاز جنگ جهانی اول، کلیه فعالیتهای فوتبال آلمان تعطیل شد
در سالهای پس از جنگ جهانی اول، بایرن چند عنوان محلی دیگر را کسب کرد و در سال ۱۹۲۶ موفق شد رقابتهای قهرمانی جنوب آلمان را فتح کند، این دستاور دو سال بعد نیز تکرار شد بایرن مونیخ در سال ۱۹۳۲ نخستین قهرمانی اش در آلمان را جشن گرفت، آنها در فینال مسابقات قهرمانی کشور آن سال موفق شدند اینتراخت فرانکفورت را با نتیجه دو بر صفر شکست دهند و قهرمان آلمان شوند
با ظهور حزب نازی توسعه بایرن مونیخ متوقف شد، رئیس باشگاه و سرمربی تیم که هر دو یهودی بودند از کشور خارج شدند و بسیاری دیگر از اعضای باشگاه نیز پاکسازی شدند و بایرن مجدداً به یک باشگاه فوتبال آماتوری تبدیل شد، در سالهای پس از این اتفاقات بایرن هرگز در سطح ملی مدعی نبود و رتبه‌های میانه جدول لیگ محلی را کسب می‌کرد
پس از جنگ جهانی دوم، بایرن مونیخ یکی از اعضای ((اوبر لیگای جنوبی)) (لیگ محلی دسته اول جنوب آلمان) شد، در سال ۱۹۵۵ آنها با کسب نتایج ضعیف به لیگ پایینتر سقوط کردند اما یک سال بعد موفق شدند به اوبرلیگای جنوبی بازگردند و سال ۱۹۵۷ نیز موفق شدند برای اولین بار قهرمان جام حذفی فوتبال آلمان بشوند
در سال ۱۹۶۳ لیگ ملی ِ بوندس‌لیگا تشکیل شد و قرار شد پنج تیم از اوبرلیگای جنوبی در آن شرکت کنند، با این که بایرن مونیخ عنوان سوم لیگ محلی را کسب کرده بود اما تیم دیگر شهر مونیخ، یعنی باشگاه فوتبال مونیخ ۱۸۶۰ عنوان قهرمانی را به دست آورده بود و فدراسیون فوتبال آلمان ترجیح داد دو تیم از یک شهر در بوندس لیگا شرکت نکنند و بنا بر این بایرن مونیخ برای بوندس لیگا انتخاب نشد بایرنی‌ها دو سال بعد یعنی در سال ۱۹۶۵ با یک تیم جوان شامل استعدادهایی مثل فرانس بکن‌باوئر، گرد مولر و سپ مایر به بوندس لیگا راه یافتند این دوران تازهٔ بایرن مونیخ با نام فرانس بکن‌باوئر عجین بود. البته بازیکنان بزرگ دیگری مثل گرد مولر و سپ مایر و اولی هوینس نیز در او را یاری می‌دادند ولی هسته مرکزی تفکر و راهبردی بایرن مونیخ او بود.
