پس از اینکه دوران بازیگری ریچارد مولر نیلسن به دلیل مصدومیت کوتاه شد، او به مربی گری روی آورد و در سال 1990 به سمت مربی تیم ملی دانمارک رسید و دو سال بعد آن ها را به بزرگترین افتخارشان رهنمون ساخت. دانمارک که به دلیل اخراج یوگسلاوی به آن تورنومنت راه یافته بود، حداکثر استفاده را از این ماجرا کرد و در فینال با دو گل از سد آلمان گذشت تا قهرمانی را به خانه برد. پیتر اشمایکل از ستارگان آن جام در توییتر به مربی سابق خود این چنین ادای احترام کرد: "ریچارد مولر نیلسن، یک الگو، معلم من و دوست من. آسوده بخواب دوست من." در طی 6 سال مربی گری او در مسند سکاندار تیم ملی دانمارک، او 34 برد، 17 تساوی و 14 شکست به ارمغان آورد. پس از جدایی از دانمارک در سال 1996، او سرمربی فنلاند و سپس رژیم صهیونیستی شد. او در سال 2004 از سوی فیفا به دلیل زحماتش برای فوتبال جایزه ای دریافت کرد.