شفر در کنفرانس امروز مدعی شد که از رحمتی تاثیر نمی‌پذیرد. ولی تصمیمات این چند وقت او در استقلال، شائبه‌های زیادی را به وجود آورد. نه صرفا از سوی مهدی رحمتی، بلکه به نظر می‌رسد شفر از مدیران باشگاه تاثیرپذیر است.
نیمکت‌نشینی حسین حسینی حاشیه‌های زیادی را برای استقلال به وجود آورده است. اتفاقی که سوژه اصلی کنفرانس امروز شفر هم بود. سرمربی آلمانی در مورد بازی کردن رحمتی و نیمکت‌نشینی دروازه‌بانی که تازه رکورد زد توضیح داد. شفر در پاسخ به این سوال که آیا رحمتی روی او تاثیر دارد، چرا که این حرف مدتی است مطرح شده است، گفت: «شما من را می‌شناسید؟ فکر می‌کنید من چنین کاری می‌کنم؟ در اینستاگرام یک خانم یا یک آقا هر چه می‌خواهد می‌تواند بنویسد. من مربی جوانی نیستم و هیچ‌کس نمی‌تواند به من بگوید چه کار کنم چون تصمیم گیرنده سرمربی است». ولی برخلاف صحبت‌های شفر، تصمیمات او در این مدت شائبه‌های زیادی را به وجود آورده که دخالت‌های بیرونی روی این مربی تاثیرگذار است. از اولین روزهای حضورش در استقلال که بیژن طاهری را به عنوان دستیار پذیرفت تا فسخ قرارداد با مجتبی جباری، بازگشت برزای به لیست و همین نیمکت‌نشینشی حسینی را خیلی‌ها تاثیر دخالت‌های بیرونی روی شفر دانستند.
دستیاری بیژن طاهری
طاهری در کمیته فنی باشگاه استقلال حضور داشت و یکی از نفراتی بود که با نظر افتخاری در انتخاب سرمربی جدید نقش داشت. پس از اینکه شفر انتخاب شد، بیژن طاهری در برنامه‌ای تلویزیونی اعلام کرد که قصد نشستن روی نیمکت استقلال را ندارد. ولی چند روز بعد خبر رسید که بیژن طاهری به عنوان دستیار شفر انتخاب شده است. قطعا این سرمربی آلمانی که شناختی از بیژن طاهری نداشت و این خواسته مدیران باشگاه بود که طاهری را بعد از کمیته فنی باشگاه، به دستیاری شفر برگزینند.
اخراج مجتبی جباری
مشکل مدیران استقلال با مجتبی جباری به قبل از حضور شفر در ایران برمی‌گردد. زمانی که شفر آمد، مشخص بود که واکنش منفی نسبت به شماره هشت استقلال نداشت و حتی در روزهای منتهی به فسخ قرارداد جباری هم شفر در خانه مجتبی حاضر شد. گفت‌وگویی که با استقبال مجتبی جباری همراه شد و این بازیکن در صفحه شخصی‌اش به تمجید از شفر پرداخت. ولی وینفرید شفر در تمام این مدت نتوانست از جباری استفاده کند. آن هم به دلیل مشکلات شخصی مدیران باشگاه و جباری.
حضور بهنام برزای
شفر در این اولین مسابقه‌ای که روی نیمکت استقلال نشست، هنوز نام بازیکنان تیم را به درستی نمی‌دانست. به طور مثال گفته بود: «در یک صحنه بازیکن شماره ۱۰ ما خوب فرار کرد ولی سانتر پشت سرش فرود آمد». یا در این قسمت از مصاحبه که گفته بود :«نظرم بود با یک فوروارد دیگر کار را شروع کنیم. اما چون شرایط دست او خوب نبود با یکی دیگر کار را ادامه دادیم». افتخاری در این شرایط مدعی شد که شفر در اولین روز سفر به ایران و پس از پایان تمرین استقلال به مدیرعامل تیم گفته: «پس برزای کجاست؟». باورش سخت است که شفر در مورد بازیکنی غیر از لیست نیم‌فصل اول استقلال نظر دهد و حتی خبر او را با ذکر نام‌اش بگیرد. ولی نهایتا در تعطیلات بین دو نیم‌فصل، بهنام برزای به لیست استقلال اضافه شد.
نیمکت‌نشینی حسینی
حسین حسینی بلافاصله بعد از جابجایی رکورد طولانی‌ترین زمان گل نخوردن یک دروازه‌بان ایرانی، نیمکت‌نشین شد. نیمکت‌نشینی حسینی بدون حاشیه هم نبود. پس از این اتفاق این دروازه‌بان اعلام کرد که دوست و دشمن‌اش را خوب شناخت و حتی همه دوستانش در ایسنتاگرام را هم برای چند دقیقه آنفالو کرد. برخی‌ها هم علیه دیگر دروازه‌بان استقلال موضع گرفتند و این تنش‌ها را کار گلر نیمکت‌نشین تیم دانستند. در نهایت هم نیمکت‌نشینی حسینی اتفاق افتاد و در بازی با پدیده، مهدی رحمتی بازی کرد. هر چند که شفر دلایلی را برای این تصمیم مطرح کرد و گفت که این تصمیم برای آمادگی بیشتر رحمتی گرفته شد که قرار است چند روز دیگر در دیدار جام حذفی درون دروازه قرار بگیرد.
