حزب نازی سال 1933 به قدرت رسید و تا سال 1945 تاثیر های زیادی بر ورزش آلمان گذاشت که اکثرا منفی و به ضرر کشور آلمان بودند. بایرن به واسطه ی پس زمینه ی یهودی ای که داشت به همراه چند باشگاه دیگر مانند آینتراخت فرانکفورت به باشگاه های یهودی معروف شدند و بسیار در تنگنا قرار گرفتند. قبل از آن دوره بایرن بهترین تیم پایتخت ایالت باواریا ، مونیخ و همینطور یکی از بهترین تیم های جنوب آلمان محسوب می شد. لازم به ذکر است که در آن زمان تمرکز باشگاه های قدرتمند در جنوب آلمان بود و تیم های جنوبی فوتبال آلمان را تحت سلطه ی خود قرار داده بودند. قهرمانی شهر مونیخ (1909-1902) قهرمان: 1908, 1906, 1905, 1904, 1903, 1902 کرایسلیگا بایرن یا لیگ ایالت باواریا (1923-1909) قهرمان: 1923, 1920, 1911, 1910 نایب قهرمان: 1918, 1917, 1913, 1912 بزیرکسلیگا بایرن یا لیگ ایالت باواریا (1933-1923) قهرمان: 33–1932, 32–1931, 31–1930, 30–1929, 29–1928, 28–1927, 26–1925 قهرمانی جنوب آلمان (1898-1933) قهرمان: 28–1927, 26–1925 نایب قهرمان: 32–1931, 29–1928, 11–1910, 10–1909 قهرمانی سراسری آلمان قهرمان: 32-1931