سامی خدیرا در جریان بازی دوستانه دو تیم ایتالیا و آلمان در 15 نوامبر 2013 از ناحیه رباط صلیبی در زانوی راست دچار آیب دیدگی شد و روز بعد در آگسبورگ تحت عمل جراحی قرار گرفت که باعث شد هافبک رئال مادرید 176 روز دور از میادین باشد.
آخرین بازی خدیرا برای رئال مادرید نهم نوامبر 2013 در برنابئو برابر رئال سوسیداد بود که در آن بازی تنواست چهارمین گل کهکشانی ها را وارد دروازه حریف کند. دیداری که در نهایت با نتیجه 5-1 به سود سفید پوشان مادریدی خاتمه یافت.