او فوتبالش را از جوانان آرارات آغاز کرد و سپس برای مدت کوتاهی به تیم استقلال پیوست اما تنها پس از انجام ۲ بازی برای این تیم دوباره به تیم آرارات بازگشت.
وی به عنوان مربی در کادر فنی تیم ملی فوتبال ایران حضور داشتهاست. در جام ملتهای آسیا ۲۰۰۷ که سرمربیگری تیم بر عهده امیر قلعهنویی بود او آنالیزور تیم بود.
در سال ۲۰۱۴ در جام جهانی برزیل و ۲۰۱۸ در جام جهانی روسیه دستیار کیروش بود که اخیرا به عنوان یکی از گزینه ها جهت دستیاری مارک ویلموتس، سرمربی مقتصد تیم ملی، مطرح شده بود.
آقاجانیان دارای مدر پرولایسنس آسیاست که درسال2019 این مدرک توسط یوفا معادل با مدرک مربی گریAآسیا شده است