پس از روی کار آمدن پپ گواردیولا در بایرن شرایط به کل تغییر کرد باواریایی ها طی این سالها نه تنها در پرورش استعداد موفق نبوده اند که تنی چند از بازیکنان جوان این تیم هم با بی مهری کادرفنی و مربی مجبور به ترک مونیخ شده اند، میشل وایزر یکی از همین استعدادهای جوان بود که سال 2012 مورد توجه استعداد یاب های بایرن قرار گرفت و بسیاری او را جانشین مناسبی برای فیلیپ لام می دانستند در تصمیمی عجیب این ستاره اینده دار توسط پپ گواردیولا از بایرن جدا شد تا به درخشش خود در تیم هرتابرلین ادامه دهد و با نمایش فوق العاده خود که یکی از دلایل نتایج خوب و تاثیر گذاری شدید در قهرمانی برلینی ها باشد. پیر امیل هویبرگ دانمارکی هم یکی از همین استعدادهاست که سرمربی اسپانیایی بایرن هیچ اعتقادی به آنها نداشت و با توجه به اصرار مدیران بایرن برای حفظ این بازیکن آینده دار آنها مجبور به قرض دادن او به تیم های مختلف شدند وضعیت برای گادینیو، سینان کورت ، جولیان گرین، فابیان بنکو، فیلیپ اشتاینهارت و میلوس پتکوویچ هم به هیچ عنوان خوب نبود و این بازیکنان آینده دار مجالی برای نمایش استعداد خود نداشتند ماجرا وقتی تاسف بار تر می شود که با مراجعه به آمار متوجه می شویم که در طول  رقابتها و در مجموع 27 مسابقه ای که بایرن در تورنمونت های مختلف به میدان رفت جولیان گرین تنها بازیکنی از آکادمی جوانان بایرن بود که شانس حضور در یک مسابقه را بدست آورد و مابقی بازیکنان هرگز برای تیم اصلی بایرن به میدان نرفته اند اتفاقی که بدون شک در تاریخ باشگاه بایرن بی سابقه است، ستاره های آینده داری که بارها توسط هاینکس به زمین آمدن و از بازی درون تیم اصلی لذت میبردن دیگر جایی در تیم اصلی نداشتند آنها خیلی نا امید و ناراحت بودند و یک تصمیم سخت گرفتند و از آکادمی جدا شدند بعد از جدایی جیانلوگا گادینو و سینان کورت این اتفاق دومینوی نابودی آکادمی و بخش جوانان باشگاه بایرن مونیخ کامل شد چیزی که همه را در بایرن نا امید کرد بی توجهی مربیانی بود که بعد از پپ به بایرن اومدن و اصلا توجهی به آکادمی نکردن، آکادمی بایرن‌تا قبل از پپ در رده چهارم جهان بود و یازده پله سقوط  به رده پانزدهم جهان رسیدن.  بعد از پیوستن هانسی فلیک به بایرن و ثبت قرارداد با این تیم ، در اولین مصاحبه خود همه رو شگفت زده کرد چیزی که همه از یک مربی انتظار داشتند، هانسی فلیک گفت: "زمانیکه من فوتبال بازی می کردم همه چیز معطوف به موفقیت بود و شما باید به هر نحوی حتی با نتیجه 0-1 نیز پیروز می شدید اما حالا تنها پیروزی کافی نیست و شما باید به فکر کسب جام با بهترین عملکرد باشید اما من می خواهم بگویم که بایرن می خواهد هوادارانش را با کسب پیروزی های بیشتر از یک گل خوشحال کند و این فقط جام گرفتن نیست ما میخواهیم بهترین بازی ها رو انجام بدیم  و با، بازی زیبا جام بگیریم زمان حضورم در فدراسیون فوتبال آلمان، من به آکادمی های زیادی از جمله در رئال مادرید و بارسلونا سر زدم، سه روز را به عنوان میهمان در تمرینات منچستر سیتی و پاری سن ژرمن گذراندم، حتی من برای دیدن آکادمی بایرن نیز آمدم و سه تابستان پشت سر هم به اردوی آرسنال در اتریش رفتم، در آن مقطع با خودم فکر می کردم که باید به خوبی این تمرینات را زیر نظر گرفت و فکری به حال اکادمی بایرن کرد من هرگز علاقه ای به تقلید کردن نداشتم، اما به خودم می گفتم باید هر چقدر ممکن است اطلاعات جدید کسب کنم و بهترین تاکتیکا را برای اکادمی بکار بگیرم چون اکادمی پایه و ستون تیم است من از دانستن ایده های هر چه بیشتر در تمامی مراحل استقبال کرده ام من از تمام مردم در همه جای جهان هرجایی که ما اکادمی داریم دعوت میکنم فرزندان خود را به آکادمی ما بفرستید ما به آنها نیاز داریم فرزندان شما آینده ستاره هایی میشوند که بهترین تیم های جهان برای بدست آوردنش تلاش و سفر میکنند و اینگونه شد که آکادمی های بایرن جانی دوباره گرفت و این تیم بیش از ۹۵ اکادمی دیگر در اروپا، آسیا و آمریکا تاسیس کرد