جانسون در بیمارستانی در محله آپر ایست ساید شهر نیویورک در سال ۱۹۶۴ زاده شد.[۷] تولد او توسط مقامات آمریکا و نیز کنسولگری بریتانیا در این شهر ثبت شد و بدین ترتیب هر دو تابعیت بریتانیایی و آمریکایی به او داده شد.[۸] والدین او هر دو انگلیسی بودند. پدر او «استنلی جانسون» در دانشگاه آیووا آمریکا در رشته نگارش خلاقانه تحصیل می‌کرد؛ ولی بعداً برای تحصیل اقتصاد به دانشگاه کلمبیا فرستاده شد.[۹] مادر او برخاسته از خانواده‌ای از روشن‌فکران لیبرال و دست چپی بود و در سال ۱۹۶۳ با استنلی جانسون محافظه‌کار ازدواج کرد. نام ابتدایی پدر استنلی جانسون و پدربزرگ بوریس جانسون، عثمان کمال بود (بعداً نام خود را به جانی تغییر داد).[۱۰][۱۱] عثمان در بورنموث از مادری نیم انگلیسی و نیم سوئیسی (از خانواده «بیشوف» در شهر بازل سوئیس در سده ۱۶ (میلادی)) زاده شد.[۱۲] پدر عثمان کمال (پدر پدربزرگ بوریس جانسون)، علی کمال، آخرین وزیر داخله امپراتوری عثمانی بود که مصطفی کمال آتاترک را دستگیر کرد. او روزنامه‌نگاری با اصلیت چرکس - ترک بود که در جنگ استقلال ترکیه به خاطر طرفداری از حکومت عثمانی در مقابل ارتش آتاترک سلاح به دست گرفت و در نهایت به دست مردم کشته شد. [۱۳][۱۴] مادر عثمان نیز مدتی پس از تولد او درگذشت و عثمان به نزد مادربزرگ انگلیس خود نقل مکان کرد و در آنجا نام خود را به ویلفرد «جانی» جانسون تغییر داد و میراث اسلامی خود را نفی کرد.[۱۵]. پدر پدر بزرگ و مادر مادربزرگ مادری بوریس جانسون یعنی «الیاس آوری لوو»، دیرینه شناس آمریکایی و همسرش «هلن تریسی لوو پورتر» (مترجم معروف آثار توماس مان) که از لیتوانی، که در آن زمان بخشی از امپراتوری روسیه بود، به همراه پدر و مادر یهودی خود به آمریکا مهاجرت کرده و در نیویورک می‌زیستند. [۱۶] [۱۷] [۱۸] بوریس جانسون با بسیاری خانواده های سلطنتی اروپا نسبت سببی در درجات پنجم تا هفتم دارد، از جمله ملکه الیزابت دوم، همسر ملکه الیزابت، شاهزاده فیلیپ، دوک ادینبرو، پادشاهان موناکو، لوکزامبورگ، سوئد (همگی از ریشه آلمانی) و پادشاه ها و دیپلمات های سابق آلمان ( Christian Friedrich Pfeffel von Kriegelstein در نام خانوادگی جانسون) [۱۹]