موضوع انتقال تیمو ورنر به بایرن مونیخ قبل از آنکه به چلسی برود بسیار داغ و پرحاشیه بود. ورنر یکی از مواردی بود که هانسی فلیک و حسن صالح حمیدزیچ بر سر او با یکدیگر اختلاف داشتند. فلیک در حالی که ترجیح می‌داد ورنر را در تیم خود داشته باشد، اما حمیدزیچ به جذب لروی سانه علاقه داشت.  طرفداری | هر چند که خود ورنر در همان زمان به اخبار مربوط به انتقالش به بایرن مونیخ واکنش نشان داد و اعلام کرد ترجیحش انتقال به باشگاهی خارج از آلمان به جای بایرن مونیخ است که این صحبت‌های ورنر نیز با انتقاد مدیر عامل وقت باواریایی‌ها یعنی کارل هاینتس رومنیگه همراه شد. حال تیمو ورنر که پس از گذشت دو سال به لایپزیش بازگشته، در مصاحبه با بیلد در مورد علاقه هانسی فلیک به خودش در آن زمان صحبت کرده است. ورنر در این‌باره گفت:

خیلی در این مورد فکر کردم که چه می‌شد اگر... اما هانسی سال بعدش از بایرن مونیخ رفت و هیچکس نمی‌داند اوضاع چگونه پیش می‌رفت. مسیری که طی کردم برای من عالی بود. با این حال در نیم سال گذشته زیاد بازی نکردم.

 بیش‌تر بخوانید: