سال اولی که کریم باقری دستیار دایی شد پرسپولیس دوم لیگ شد و سال بعد که دایی او را به همکاری دعوت نکرد ، علی دایی در ابتدای فصل با نتایج ضعیف برکنار شد و حمید درخشان نیز از کریم باقری استفاده نکرد و او نیز نتایج خوبی نگرفت و  مجبور به استعفا شد. برانکو آمد و بلافاصله کریم باقری را به کادر فنی اضافه کرد و سه قهرمانی و یک نایب قهرمانی را به دست آورد. کالدرون نیز کریم باقری را در کادر فنی حفظ کرد و  او نیز شیفته شخصیت کریم باقری شده بود کالدرون که در ابتدا مورد حمایت هواداران نبود اما او نیز با کمک کریم باقری   تیم را صدر نشین به گل محمدی هدیه داد. گل محمدی هم تا زمانی که اور را حفظ کرد حاشیه های تیم را جمع و جور کرد و سه قهرمانی و یک نایب قهرمانی آورد و زمانی که درابتدای فصل کریم از تیم جدا شد اوضاع برای گل محمدی همانند علی دایی در سال دومش پیش رفت. در آسیا حذف شد و در لیگ هم رتبه سوم و وجود حاشیه ها و اختلافات درونی بازیکنان و مربیان. بنابراین هر مربی که بیاید کریم باقری را اگر به تیم اضافه نکند راه دشواری در جمع کردن حواشی خواهد داشت.