در مرکز این مناقشه جدید، تلاش معاویه برای تضمین جانشینی پسرش یزید قرار داشت، در حالی که پیش از دوران حکومت او خلفا از طریق انتخاب تعیین می‌شدند. یزید در مدینه به عنوان خلیفه پذیرفته شد، اما هنگامی که فرمانداران و بزرگان خلافت برای ادای سوگند وفاداری فراخوانده شدند، دو چهره مهم از سوگند خوردن امتناع کردند - حسین بن علی، پسر خلیفه علی، و عبدالله بن زبیر، پسر زبیری که حدود ۲۴ سال پیش در جنگ جمل علیه علی موضع گرفته بود. با وجود رقابت پدرانشان، این دو مرد در مخالفت با یزید متحد شدند و از مدینه به مکه گریختند تا علیه او شورش کنند.
به زودی پیشنهادهای حمایت از پایگاه سابق قدرت علی در کوفه رسید و به حسین امید داد که می‌تواند آرمان پدر شهیدش را احیا کند. پسرعموی حسین، مسلم بن عقیل، پیش از او و همراهانش به کوفه فرستاده شد تا میزان حمایتشان را در کوفه ارزیابی کند و از این سوءظن که پیشنهادها ممکن است دامی از سوی یزید یا یکی از بزرگان محلی برای جلب نظر او باشد. با رسیدن به کوفه، او صحت پیشنهادهای حمایت را تأیید کرد و حدود ۱۲٬۰۰۰ نفر به مسلم پیوستند تا وفاداری خود به حسین را اعلام کنند. با دریافت این خبر، حسین مکه را به مقصد کوفه ترک کرد - سفری که هرگز به پایان نرسید.
با وجود جانشینی اخیر و پرتنش یزید به تخت خلافت، او مصمم بود شورش را پیش از آنکه به چالشی جدی تبدیل شود سرکوب کند. وقتی دریافت که فرماندار کوفه، نعمان بن بشیر، بی‌طرفی را انتخاب کرده و اجازه داده است هواداران حسین گرد هم آیند، سریعاً دست به کار شد. نعمان به استانی دیگر منتقل شد و عبیدالله بن زیاد، هوادار وفادار یزید، جایگزین او شد و سرکوب شدیدی را علیه گروه شورشی آغاز کرد. مسلم بن عقیل و چند تن از رهبران دیگر شورشیان کشته شدند و شورشیان دلسرد تحت فشار شدید نیروهای نظامی محلی پراکنده شدند.
وقتی حسین از این فاجعه مطلع شد، در نزدیکی منطقه امروزی رفاعی بود، دور از امنیت مکه، با تنها چند هوادار در قلمرویی که هر لحظه خصمانه‌تر می‌شد. حسین هنوز می‌توانست بازگردد و به مکه برگردد، اما نظر هوادارانش تقسیم شده بود. برخی از حامیان قبیله‌ای او به او پناهگاه در کوه‌های شمال نجد پیشنهاد دادند، در حالی که بسیاری از اعضای خانواده‌اش او را تشویق به ادامه مسیر به کوفه و انتقام از پسرعموی شهیدش کردند. در نهایت، حسین تصمیم دوم را گرفت و با وجود ترک بسیاری از هوادارانش، راهپیمایی به سوی کوفه ادامه یافت.
به زودی، در دشت کربلا، گروه کوچک همراهانش توسط ارتش عبیدالله تعقیب شدند. حسین درخواست کرد به مکه بازگردد، اما عبیدالله خواستار تسلیم او و سوگند وفاداری به یزید شد. وقتی حسین امتناع کرد، نیروهای اموی گروه او را محاصره و از آب قطع کردند تا تسلیم شوند. وقتی این نیز بی‌نتیجه ماند، ارتش محاصره‌کننده در ۱۰ اکتبر ۶۸۰ حمله کرد و حسین و یارانش را در نبردی کاملاً نابرابر به شهادت رساندند.
نبرد کوتاه بود و نتیجه آن از پیش مشخص، اما کشته شدن حسین - نوه پیامبر - جهان اسلام را شوکه کرد. شیعیان این تاریخ را به عنوان روز عزا و کربلا را به عنوان زیارتگاه جاودانه کردند. با الهام از شهادت حسین، شورش‌های بزرگی به رهبری عبدالله در مکه و مدینه در سال‌های بعد روی داد. نیروهای مجرب سوری یزید به فرماندهی مسلم بن عقبه به شورشیان شکست وارد کردند، اما نتوانستند وفاداری مردم را بازگردانند. محاصره و بمباران شهر مقدس مکه در سال ۶۸۳ فقط خشم بیشتری برانگیخت و یزید در همان سال تحت شرایطی نامعلوم درگذشت. پسر و جانشین بیمارش، معاویه دوم، تنها چند ماه حکومت کرد قبل از کناره‌گیری، و تخت خلافت را خالی گذاشت و خلافت را بار دیگر تقسیم‌شده رها کرد و فتنه دوم را آغاز نمود.
سال‌های بعد شاهد ادعای خلافت از سوی چهره‌های متعدد بود. در حجاز، عبدالله بن زبیر به عنوان خلیفه پذیرفته شد و در ابتدا اکثریت جهان اسلام از او حمایت کردند. عبیدالله بن زیاد، فرمانده‌ای که حسین را در کربلا به شهادت رساند، در بصره پایگاه قدرت ایجاد کرد و مدعی خلافت شد، اما نتوانست حمایت گسترده‌ای کسب کند و به زودی توسط قیام خوارج از بصره بیرون رانده شد. در سوریه، تنها منطقه‌ای که هنوز به خلافت اموی وفادار بود، معاویه دوم در نهایت توسط مروان، دبیر و پسرعموی خلیفه عثمان، جایگزین شد و پسر جوان اما محبوب یزید، خالد، کنار گذاشته شد.
عبیدالله پس از شکست در تلاش برای قدرت، به خدمت امویان بازگشت و قبل از فرار، هشت میلیون درهم از خزانه بصره غارت کرد و در نبردهای آینده ارتش مروان را رهبری کرد. اولین چالش مروان برای شکست عبدالله محبوب‌تر، تحکیم کنترلش بر سوریه در برابر دشمنی قدرتمند و نزدیک به خانه بود - ضحاک بن قیس، فرماندار استان دمشق، که در فتنه اول وفادارانه به معاویه خدمت کرده بود، اما حالا به عبدالله پیوسته و بخش زیادی از سوریه را با خود همراه کرده بود.
مروان چند مزیت بزرگ داشت - با وجود درگیری‌های خیابانی پس از سخنرانی‌های ضحاک و خالد بن یزید، امویان کنترل شهر دمشق و خزانه عظیم خلافت را حفظ کردند و مروان توانست از طریق رشوه وفاداری بسیاری از قبایل محلی را جلب کند. ضحاک نیز تا حدی به خاندانی که مدت‌ها خدمت کرده بود وفادار ماند و حتی پس از مذاکره با خالد و عبیدالله موقتاً به امویان بازگشت، که او را به دشمنی مردد و بی‌اراده تبدیل کرد.
با این حال، ضحاک و قیس توانستند ارتشی حدود ۲۰٬۰۰۰ نفر یا بیشتر در مرج راهط، در حاشیه صحرای شرق دمشق، گرد آورند. مروان به توصیه عبیدالله، هواداران خود را از اتحادیه قبیله‌ای کلب و بازماندگان غسانیان جمع کرد و به مقابله با آنها شتافت. دو ارتش در ۲۹ ژوئیه ۶۸۴ روبرو شدند. با حدود ۶٬۰۰۰ نفر، مروان به شدت در اقلیت بود، اما ارتش عمدتاً پیاده‌نظام او در طول ۱۹ روز درگیری مقاومت کرد.
در ۱۸ اوت، نبرد شدت گرفت. با وجود ترکیب نامتجانس نیروهای مروان، روحیه و انضباط آنها پیروز شد. قهرمانی از قبیله کلب به نام زهنه بن عبدالله ضحاک را در میانه نبرد کشت. با وجود برتری عددی، وفاداران به عبدالله به سرعت متفرق شدند. این پیروزی امویان را یک گام به بازیابی خلافت نزدیک‌تر کرد، هرچند مروان چندان زنده نماند و در بهار ۶۸۵ درگذشت. پسرش عبدالملک جانشین او شد.
در بسیاری از نقاط امپراتوری، بزرگان محلی به صورت اسمی به ابن زبیر سوگند وفاداری یاد کرده بودند، در حالی که عملاً بیطرف باقی مانده و از تضعیف قدرت مرکزی برای فرار از مالیات امویان استفاده می کردند. در برخی مناطق دیگر، قدرت زبیریان متکی به اتحادهای شکننده با خوارج و شیعیان بود. اگرچه این گروه ها در ابتدا ممکن بود برای سرنگونی امویان با ابن زبیر همپیمان شوند، اما اتحاد با خوارج هرگز پایدار نمی ماند مگر اینکه او عقاید آنها را می پذیرفت - این کار باعث دوری سایر حامیانش می شد و شیعیان نیز از به رسمیت شناختن او به عنوان خلیفه خودداری می کردند و در عوض به دنبال جانشینی از نوادگان خلیفه مقتول علی برای تصدی خلافت بودند.
بنابراین در حالی که مروان بر پایگاه قدرتمند سوری و خزانه خلافت تسلط داشت، ابن زبیر در ایجاد جبهه متحدی میان حامیانش با مشکل مواجه بود و این باعث می شد امویان قوی تر و زبیریان ضعیف تر از آنچه کنترل ناهمگون سرزمینی شان نشان می داد، باشند. در واقع، اندکی پس از پیروزی امویان در نبرد مرج راهط، مروان توانست تقریباً بدون مقاومت مصر را تصرف کند. در این هنگام، عمرو بن سعید از خاندان او وارد فسطاط شد و مردم را به حمایت از امویان فراخواند، در حالی که مروان با عبدالرحمن بن جحدم، فرماندار زبیری مصر، در بیرون شهر در حالت تقابل قرار داشت. این گامی بزرگ به سوی وحدت مجدد خلافت و نشانه ای از قدرت ظاهری ابن زبیر بود.
در همین حال، درگیری های داخلی دیگری در سراسر خلافت رخ می داد که بارزترین آن در منطقه خراسان بود. عبدالله بن خازم که هیچگاه توسط خلیفه ای به فرمانداری منصوب نشده بود، با استفاده از احساسات ضد اموی در ارتش، فرماندار اموی سلم بن زیاد را بیرون راند. این خلأ قدرت به جوامع محلی و جناح های مختلف درون ارتش اجازه داد تا مسئولان را بیرون کنند و کنترل خراسان را به دست گیرند. با این حال، کارآمدی و خشونت ابن خازم در سرکوب هم شورشیان و هم مهاجمان هپتالی فرصت طلب - که گزارش شده پس از یک پیروزی دستور اعدام زندانیان را تا غروب آفتاب صادر کرد - به سرعت هرگونه مخالفت را از بین برد و به او اجازه داد در سال های بعدی جنگ داخلی بدون توجه به جناح های مختلف حکومت کند.
در کوفه نیز جنبش شیعی تندرویی به نام توابین یا توبه کنندگان در حال قدرت گرفتن بود. اگرچه کشته شدن حسین باعث شوک و خشم در سراسر جامعه مسلمانان شده بود، اما بیشترین تأثیر را بر جامعه شیعه کوفه گذاشت که حسین برای جلب حمایتشان به سوی آنها می رفت. بسیاری از آنها به دنبال انتقام یا شهادت بودند تا شکستشان در یاری رساندن به او را جبران کنند. با آغاز فتنه دوم، مبلغانی به شهرهای نظامی در اطراف کوفه فرستاده شدند که خواستار انتقام و انتقال قدرت به خاندان پیامبر بودند. اما با ورود مختار ثقفی در ۷ مه ۶۸۴، این جنبش شروع به انشعاب کرد. مختار ادعا می کرد پیرو محمد بن حنفیه، پسر خلیفه علی از همسری غیر از فاطمه دختر پیامبر است. ادعای مختار مبنی بر اینکه ابن حنفیه مهدی موعود است و چشم انداز خدمت به جانشین علی، توانست بخشی از توابین را از رهبرشان سلیمان بن صرد جدا کند و شکافی عمیق ایجاد نماید. وقتی فرماندار زبیری عبدالله بن یزید در ۱۵ مه وارد شد، تنها توانست با تلاش بسیار از درگیری بین دو جناح یا علیه متحدان سابق زبیری جلوگیری کند.
در همین دوره، متحدان خوارج ابن زبیر در مکه نیز از او جدا شدند. آنها که از ادعاهای مبهم ایدئولوژیک زبیر خسته شده بودند، به بصره و منطقه یمامه رفتند تا تحت رهبری ابوالطالوت شورش خود را آغاز کنند. آنها در سال های بعد به عنوان تهدیدی بزرگ برای زبیریان باقی ماندند و حتی بخش های بزرگی از شبه جزیره عربستان را تصرف کردند.
در میان این گروه ها، اولین کسانی که دست به یک لشکرکشی بزرگ زدند توابین به رهبری سلیمان بن صرد بودند که در ۱۵ نوامبر ۶۸۴ تهاجم طولانی انتظارشان به سوریه را آغاز کردند. با این حال، علیرغم اندوه پایدار برای مرگ حسین و سال ها تبلیغات، سلیمان از استقبال کم هنگام فراخوان به سلاح بسیار ناامید شد، چرا که تنها ۵۰۰۰ نفر از ۱۶۰۰۰ نفری که قول حمایت داده بودند حاضر شدند و بسیاری از آنها نیز در ماه های بعد فرار کردند. با این وجود - علیرغم تلاش های عبدالله بن یزید برای متقاعد کردن آنها به ماندن در کوفه و وحدت با زبیریان - سلیمان زمان را تلف نکرد و در ۱۷ نوامبر کوفه را ترک کرد، ابتدا به سوی آرامگاه حسین در کربلا رفت تا یک شبانه روز عزاداری کند و سپس به قرقسیا رفت. در آنجا توسط رئیس قبیله قیس، زفر بن حارث که از فرماندهان زبیری در فاجعه مرج راهط بود، تدارکات و اطلاعات دریافت کرد.
ارتش اموی که پس از فتح مصر بازمی گشت، اخیراً رقه را ترک کرده و به سوی شهر عین الورده در مسیر حمله به عراق در حرکت بود. با اطلاع از محل استقرار آنها توسط زفر و برخورداری از تحرک بالاتر با ارتش سواره نظامش، سلیمان عجله کرد تا قبل از دشمنان به محل برسد و پنج روز قبل از امویان رسید و در غرب شهر اردو زد تا راه دسترسی آنها به غذا و آب را قطع کند. ارتش اموی که در مصر تقویت شده و نزدیک به ۲۰۰۰۰ نفر بود، از نظر تعداد برتری داشت، اما درون خود دچار تفرقه بود. در حالی که عبیدالله بن زیاد فرماندهی کل ارتش را بر عهده داشت، در طول حرکت در قلمرویی که تصور می شد دوستانه است حاضر نبود و این باعث شد دو فرمانده او - حسین بن نمیر و ابن ذی الکلاع - بر سر رهبری اختلاف کنند و به صورت جداگانه حرکت و اردو بزنند، در حالی که ناآگاهانه به سوی کمین توابین می رفتند.
وقتی آنها در اوایل ژانویه ۶۸۵ رسیدند، اولین درگیری با نیروهای کوچکتر ابن ذی الکلاع رخ داد، که توابین توسط یک بادیه نشین محلی به اردوگاه او راهنمایی شدند و حمله غافلگیرانه ای را آغاز کردند. اگرچه تعدادشان کمتر بود، اما غافلگیری و سردرگمی باعث شد سواران سلیمان بتوانند نیروهای الکلاع را پراکنده کنند، بسیاری از آنها کشته شدند و اردوگاهشان به غارت رفت. با این حال، این درگیری اولیه تأثیر چندانی در تعدیل نسبتها نداشت و در ۴ ژانویه، ابن نمیر با نیرویی بزرگتر متشکل از ۱۲۰۰۰ نفر اعزام شد. در تقابلی کوتاه قبل از نبرد، خواسته های دو طرف مطرح شد: توابین خواستار تحویل ابن زیاد به خاطر نقشش در کشته شدن حسین بودند و امویان از سلیمان خواستند به مروان سوگند وفاداری یاد کند - اما این خواسته ها بیشتر صوری بود و پس از رد شدن از سوی دو طرف، نبرد آغاز شد.
توابین با پیروی از توصیه های زفر، از تحرک خود به خوبی استفاده کردند و به جای مقابله رودررو با نیروی برتر امویان، واحدهای خود را هنگام حمله تقویت یا عقب می کشیدند. هر دو فرمانده مرکز نیروهای خود را رهبری می کردند و بخشی از سواران سلیمان برای حمایت از همرزمانشان در زمینی که نبرد شدیدتر بود، پیاده شدند. این درگیری های پراکنده در کوتاه مدت توسط توابین پیروز شد، البته نه بدون تلفات، و نیروهای ابن نمیر به خوبی عقب نشینی کردند تا با نیروهای ابن ذی الکلاع تجدید قوا کنند. حالا با پیوستن دوباره نیروها و توبیخ الکلاع توسط ابن زیاد به خاطر شکست قبلی و عزل او از فرماندهی برای پایان دادن به اختلاف، ارتش اموی آماده بود تا از تمام قدرت خود استفاده کند که منجر به یک روز نبرد خونین در ۵ ژانویه شد و تلفات سنگینی به شیعیانی که از قبل کمتر بودند وارد آمد.
وقتی نبرد در ۶ ژانویه از سر گرفته شد، توابین خسته به زودی از همه طرف تحت فشار قرار گرفتند و نتوانستند مانع از محاصره واحدهای سواره نظام پراکنده خود توسط امویان شوند، همان تاکتیکی که قبلاً به آنها اجازه می داد از فشار کامل نیروی امویان اجتناب کنند، حالا باعث شکست تدریجی شان شد. سلیمان بن صرد و چند تن از یاران نزدیکش با رگبارهای شدید تیر کشته شدند و حملات پرشور معیب بن نجابه، جانشین سلیمان و ورود دیرهنگام نیروهای کمکی از بصره نیز نتوانست تغییری در وضعیت ایجاد کند. نابودی توابین گامی دیگر به سوی بازیابی خلافت توسط امویان بود، اگرچه مروان چندان زنده نماند و در بهار ۶۸۵ درگذشت - بنا به روایات مختلف یا بر اثر طاعون یا توسط همسرش کشته شد. پسرش عبدالملک جانشین او شد.
با این حال، عین الورده پایان مشارکت شیعیان در فتنه دوم نبود - با کشته شدن رهبرانشان، بازماندگان جنبش سلیمان به مختار ثقفی روی آوردند که با جلب حمایت موالی (مسلمانان غیرعرب) سنتی محروم، در عراق در حال قدرت گرفتن بود. اگرچه او همچنان خود را صرفاً پیرو ابن حنفیه معرفی می کرد، اما ارتباط واقعی آنها ضعیف بود و بنا به برخی روایات، مختار حتی از نامه جعلی حمایت ابن حنفیه برای متقاعد کردن ابراهیم بن اشتر، رهبر محلی، برای پشتیبانی از کودتایش استفاده کرد و در عین حال ابن حنفیه را از جنبشی که به نام او فعالیت می کرد جدا نگه داشت. اما به هر انگیزه ای، در اکتبر مختار تمام پیوندهای باقیمانده با ابن زبیر را گسست و فرماندار او عبدالله بن مطیع را برکنار کرد و کنترل بیشتر عراق و ارمنستان را به دست گرفت. شورش های بیشتر خوارج، قدرت زبیریان را در جنوب ایران و بحرین سرنگون کرد و هر دو سوی خلیج فارس را در دست خوارج قرار داد و خلافت مورد ادعای ابن زبیر را کوچکتر از همیشه کرد.
اما با وجود تمام ضعف ها، او هنوز کاملاً درمانده نبود و توانست هم حمله امویان به مدینه تحت فرماندهی رئیس قبیله قضاعه حبیش بن دلجه و هم حمله خوارج به بصره را شکست دهد و قلمروهای باقیمانده اش را حفظ کند، که نتیجه نهایی جنگ داخلی را همچنان نامشخص نگه داشت.
در چند سال بعد، بخشی از شتاب امویان معکوس شد. نیروی مهاجمی که توابین سلیمان را شکست داده بود، پس از این پیروزی پیشرفت کندی داشت و با مرگ مروان و شورش قبایل قیس که در مرج راهط از ضحاک حمایت کرده بودند، مواجه شد. وقتی آنها نهایتاً یک سال و نیم بعد در تابستان ۶۸۶ تهاجم به عراق را آغاز کردند، مختار در موقعیت نامساعدی قرار داشت، چرا که تلاش هایش برای راضی نگه داشتن هم اشراف قبیله ای عرب و هم موالی غیرعرب شکست خورده بود و این باعث شد اشراف قبیله ای به دلیل احساس کاهش امتیازاتشان تلاش کنند او را برکنار کنند. این اختلاف بیشتر توسط مصعب بن زبیر، برادر ابن زبیر و فرماندار بصره که برای بازپس گیری عراق به دنبال جلب حمایت این اشراف ناراضی کوفی بود، دامن زده شد. مرگ یکی از فرماندهان مختار بر اثر طاعون اندکی پس از پیروزی او بر نیروی اکتشافی امویان در نزدیکی موصل، شایعات شکست ارتشش را برانگیخت و شورشی فرصت طلبانه در اواخر ژوئن آغاز شد. با این وجود، مختار محاصره شده هم توانست این تلاش برای کودتا را سرکوب کند - آنقدر در کاخ خود مقاومت کرد تا ارتش ابراهیم بن اشتر از جبهه امویان بازگردد و او را نجات دهد - و هم ارتش بزرگی متشکل از موالی فارسی زبان و هواداران شیعه را برای مقابله با امویان بسیج کند و اوایل اوت در حدود ۱۵ مایلی شرق موصل در کنار رود خازر با آنها روبرو شد.
اگرچه تخمین زده می شود ارتش زیاد به ۸۰۰۰۰ نفر می رسید، اما این رقم با تعداد همین ارتش در نبرد عین الورده یا ارتش های مشابه تشکیل شده از سوریه تناسبی ندارد و احتمالاً ناشی از تمایلات ضد اموی تاریخنگار ابومخنف است - هرچند رقم کاملاً قابل اعتمادی وجود ندارد، اما تعداد واقعی احتمالاً کمی بیش از ۳۰۰۰۰ نفر بود، حتی با احتساب نیروهای کمکی از بقایای حمله ناموفق به مدینه. با این حال، امویان برتری عددی واضحی نسبت به ۱۳۰۰۰ نفر تحت فرمان ابراهیم بن اشتر داشتند - اما همانند قبل به دلیل تفرقه تضعیف شده بودند. فرمانده جناح چپ آنها، عمیر بن حباب، شب ۵ اوت با ابراهیم دیدار کرد تا پیشنهاد تغییر موضع در نبرد آینده را بدهد. با پیروی از توصیه عمیر، ابن اشتر زمان را تلف نکرد و فردای آن روز نبرد را به امویان تحمیل کرد و از پروتکل معمول یورش ها و درگیری های پراکنده چشم پوشید و ارتش کوچکترش مستقیماً به دشمن بزرگتر اما هنوز آشفته حمله کرد.
مراحل اولیه نبرد به نفع امویان پیش رفت و جناح راست اموی تحت فرمان ابن نمیر توانست فرمانده جناح راست ابن اشتر را بکشد و آنها را فراری دهد. با این حال، پرچم افتاده به سرعت توسط عبدالله بن ورقه، برادرزاده یکی از صحابه پیامبر، برداشته شد و او توانست تعداد کافی از سربازان فراری را دوباره جمع کند و پیشروی امویان را متوقف سازد. در جناح چپ امویان، گزارش ها در مورد نقش عمیر متناقض است. تاریخنگار کلبی ادعا می کند که تغییر موضع وعده داده شده هرگز محقق نشد و عمیر به ابن زیاد وفادار ماند، در حالی که دیگران معتقدند او از میدان نبرد گریخت - از آنجا که او و ابن اشتر پس از نبرد به آرامی با هم گفتگو کردند، احتمالاً روایت دوم به حقیقت نزدیک تر است، اما به هر حال او نقش نسبتاً منفعلی داشت و بی عملی اش باعث شد مرکز امویان در معرض حمله ناامیدانه جناح راست و مرکز کوفی ها قرار گیرد. نقش کلیدی در این تلاش بر عهده شریک بن جدیر تغلبی بود، جنگجویی که در فتنه اول تحت فرمان خلیفه علی جنگیده بود و با حمله خشمگینانه سواره نظامش راهی به سوی عبیدالله بن زیاد گشود و پرچم های اموی را سرنگون کرد. با مرگ ابن زیاد و ادامه اختلافات و رقابت ها در صفوف امویان، ارتش بزرگ به سرعت متلاشی شد، نیروهای عمیر به آرامی عقب نشینی کردند در حالی که بسیاری دیگر هنگام فرار از رود خازر غرق شدند. این نبرد کوتاه اما شدید، هرگونه حرکت بعدی امویان به سوی عراق را برای چند سال به تأخیر انداخت، اما تأثیر چندانی در تثبیت موقعیت شکننده مختار نداشت، چرا که زبیریان و اشراف قبیله ای خودش هنوز در حال توطئه علیه او بودند.
چند ماه بعد، احتمالاً در اواخر پاییز ۶۸۶، مصعب بن زبیر با پشتیبانی اشراف شورشی تبعیدی کوفی، برای حمله خود از بصره خارج شد. با وجود فرصت کم برای تجدید قوا، ارتش ابن اشتر عجله کرد تا با آنها روبرو شود، هرچند این بار بدون رهبری که در مقابل امویان به آنها پیروزی داده بود. خود ابن اشتر - که حالا فرماندار موصل و نزدیک به زبیریان بود - تحت شرایط مبهمی پس از نبرد خازر از حمایت مختار دست کشید و همزمانی تغییر موضع عمیر، نشان دهنده احتمال توافق بین این دو بود. احمر بن شمیت فرماندهی را بر عهده گرفت، اما به دلیل نداشتن تجربه پیشینیانش، به زودی ارتشش در مذار، شمال بصره، با فاجعه روبرو شد و کینه اشراف قبیله ای در هر دو ارتش نسبت به موالی که بخش عمده نیروهای مختار را تشکیل می دادند، به شکلی دهشتناک عیان شد.
در حالی که به طور سنتی غیرعرب ها از خدمت به عنوان سواره نظام منع شده بودند، مختار این قانون را لغو کرده و دستمزد آنها را افزایش داده بود تا حمایتشان را جلب کند - اما در نبرد مذار، ابن شمیت دوباره از آنها خواست پیاده شده و به عنوان پیاده نظام بجنگند. وقتی ابن شمیت کشته شد و ارتشش پراکنده گردید، سواران کوفی گریختند در حالی که تعداد زیادی از پیاده های موالی توسط تبعیدی های انتقام جو تعقیب و قتل عام شدند، تلفاتی به شدت نامتناسب متحمل شدند و تعداد کمی جان سالم به در بردند و هیچ اسیری گرفته نشد. این فاجعه اعتقاد به جنبش مهدوی مختار را متزلزل کرد و فروپاشی کامل دیری نپایید. نیروی مهاجم زبیری با شتاب از طریق قایق و اسب به سوی کوفه حرکت کرد. مختار با عجله ارتش دیگری گرد آورد و با آبگیری کانال های فرات سعی کرد - بی فایده - مهاجمان را به تأخیر اندازد و شخصاً ارتشش را در دومین رویارویی ناامیدانه با زبیریان در حریره در حومه کوفه رهبری کرد.
مختار و نیروهایش شجاعانه جنگیدند و در ابتدا نبرد در حالت تعادل بود - محمد بن اشعث، رهبر تبعیدی های کوفی که تحت فرمان مصعب می جنگیدند، کشته شد و جنگجویان قبایل کوهستانی حجاز که یک پنجم نیروی بصره را تشکیل می دادند، در اوایل نبرد گریختند. با این حال، این موفقیت های اولیه وقتی بی نتیجه ماند که جناح چپ بصره - که تحت فرماندهی محتاط مهلب بن ابی صفره در ابتدا از درگیری دوری کرده بود - به جلو هجوم آورد و نیروهای خسته و خونین کوفی را پس از تقریباً یک روز نبرد در هم کوبید و پراکند. اگرچه مختار به سختی گریخت، اما ارتش و امیدهایش نابود شد و هوادارانش توسط پیروزها به صورت دسته جمعی اعدام شدند و محاصره چهار ماهه کاخ در کوفه فقط نابودی قیام اجتناب ناپذیر او را را به تأخیر انداخت. در ۳ آوریل ۶۸۷، نیروهای مصعب به کاخ او یورش بردند و مختار را اعدام کردند و به سرعت ارمنستان و عراق را به حوزه زبیریان بازگرداندند.
به جز یورش های خوارج و درگیری های مرزی کوچک، بن بست بین امویان و زبیریان برای چهار سال بعد ادامه یافت، چرا که هر دو طرف از جنگ داخلی طولانی خسته شده بودند و تا سال ۶۹۱ نبرد مهمی بین آنها رخ نداد. در این مدت، جبهه های غفلت شده دوباره شاهد فعالیت بودند و ارتش اموی تحت فرمان زهیر بن قیس به کوه های الجزایر اعزام شد، جایی که کایسیلیوس، پادشاه بربر متحد بیزانس، از جنگ داخلی استفاده کرده و بخش زیادی از افریقیه را تصرف کرده بود. زهیر در سال ۶۸۸ او را شکست داد و کشت، قیروان را بازپس گرفت و خلافت را به عنوان نیروی مسلط در منطقه دوباره برقرار کرد و تنها پایگاه بیزانس در کارتاژ به عنوان تهدید باقی ماند. عبدالملک نیز در این دوره به ظاهر آرام، علیه رقبای زبیری خود فعال بود و با توطئه و دیپلماسی میان هواداران زبیری در سراسر خلافت، از ضعف ابن زبیر و بی تفاوتی فزاینده نسبت به خطاهای پیشینیان پس از نزدیک به یک دهه جنگ استفاده کرد تا پایگاه حمایتی دشمنانش را تضعیف کند.
اگرچه تلاش بعدی او برای حمله به عراق در سال ۶۸۹ توسط کودتای کوتاه مدت عمرو بن سعید، از خویشاوندانش، مختل شد، اما پایان جنگ داخلی تقریباً پس از نبردهای شدید سال های اول آن فرا رسید، زمانی که اکثریت ارتش مصعب تغییر موضع دادند و او را رها کردند تا در اکتبر ۶۹۱ وقتی عبدالملک نهایتاً عراق را بازپس گرفت، کشته شود. عبدالملک مصعب و پسرش عیسی را با احترام به خاک سپرد و بر تراژدی جنگ داخلی افسوس خورد، اما علیرغم سخنان شاعرانه اش، در ریشه کن کردن هرگونه مخالف باقیمانده بی رحم بود، سال بعد مکه را محاصره کرد و آخرین هواداران عبدالله بن زبیر را سرکوب نمود. اگرچه سرکوب شورشیان خوارج و مستقلانی مانند ابن خازم چند سال دیگر طول کشید، اما خلافت اموی بر اولین مدعی خلافتش پیروز شده بود.
فتنه دوم درگیری ای طولانی و خونین بود و نشانگر فاصله گیری بیشتر از وحدت دوران خلفای راشدین بود - حتی در فتنه اول، جنگ مسلمانان با یکدیگر ناهنجاری دردناکی تلقی می شد و پیش از نبردها تلاش های جدی برای میانجی گری صورت می گرفت و اختلاف به داوری مذهبی سپرده می شد. اما در فتنه دوم، شکاف های مذهبی ناشی از فتنه اول و کینه های خونی همراه با آنها، خشونت و انتقام را به شدت قابل قبول ساخته بود. اما اگرچه خلافت متزلزل شده بود، اما همچنان پابرجا ماند و پیروزی های بیشتری در آفریقا، آسیا و حتی پادشاهی بی خبر ویزیگوت ایبریا در انتظار بود.
