اکنون–۱۹۹۸ (موفقیت‌های مجدد بین‌المللی)
اوتمار هیتسفیلد
اوتمار هیتسفلد از سال ۱۹۹۸ تا ۲۰۰۴ سرمربی بایرن مونیخ بود و در این دوره با ستارگانی مثل اشتفان افنبرگ، الیور کان، جیوانی البر، مهمت شول و بیسنته لیزارازو موفق شد عناوین متعددی را کسب کند، بایرن در اولین فصل حضور هیتسفید(۹۹–۱۹۹۸) بوندس لیگا را فتح کرد و به فینال لیگ قهرمانان اروپا نیز راه یافت، در مسابقه فینال در حالی که بایرن مونیخ تا واپسین لحظات با یک گل از منچستر یونایتد پیش بود، ناگهان در چند دقیقه دو گل دریافت کرد و با حساب ۲ بر ۱ شکست خورد تا یکی از تلخترین شبهای تاریخ باشگاه رقم بخورد، فصل بعد بایرن مونیخ دو گانه فوتبال آلمان را فتح کرد اما در نیمه نهایی لیگ قهرمانان اروپا مغلوب رئال مادرید شد، در فصل ۰۱–۲۰۰۰ بایرن مونیخ برای سومین فصل پیاپی فاتح بوندس لیگا شد
بایرنی‌ها در لیگ قهرمانان ۰۱–۲۰۰۰ در مرحله یک چهارم نهایی موفق شدند منچستر یونایتد را حذف کنند و تا حدی انتقام شکست دو سال قبل را از آنها بگیرند، آنها در مرحله نیمه نهایی رئال مادرید را حذف کردند و در فینال موفق شدند با درخشش الیور کان باشگاه فوتبال والنسیا را در ضربات پنالتی شکست دهند و پس از بیست و پنج سال قهرمان جام باشگاه‌های اروپا بشوند
بایرن مونیخ، فاتح لیگ قهرمانان ۰۱–۲۰۰۰
بایرن مونیخ در نوامبر ۲۰۰۱ به عنوان قهرمان اروپا در جام بین‌قاره‌ای شرکت کرد و با شکست دادن بوکا جونیورز آرژانین و تک گل ساموئل اوسی کفوور مدافع متعصب و غنایی خود در دقیقه 111 برای دومین بار عنوان قهرمانی جام بین قاره‌ای را کسب کرد.
در فصل ۰۲–۲۰۰۱ بایرن برای اولین بار پس از سه سال در فتح بوندس لیگا ناکام ماند و در لیگ قهرمانان نیز در مرحله نیمه نهایی حذف شد اما بایرنی‌ها در فصل ۰۳–۲۰۰۲ موفق شدند ناکامی در بوندس لیگا را جبران کنند و بوندس لیگا را فتح کردند، پس از این فصل، بایرن یک فصل را بدون جام سپری کرد و وردر برمن فاتح بوندس لیگای ۰۴–۲۰۰۳ شد، بنا بر این هیتسفیلد پس از شش فصل بایرن را ترک کرد و فیلیکس ماگات سرمربی بایرن مونیخ شد، ماگات در هر دو فصل اول حضورش در بایرن مونیخ موفق شد، بوندس لیگا و جام حذفی را فتح کند
بنا بر این شمار قهرمانی‌های بایرن مونیخ در بوندس لیگا به بیست رسید، با این حال بایرن با روزهای اوجش فاصله داشت و در لیگ قهرمانان اروپا مدعی نبود، اواسط فصل ۰۷–۲۰۰۶ فیلیکس ماگات به دنبال نتایج ضعیفی که در آن فصل کسب کرده بود از کار برکنار شد و اوتمار هیتسفلد مجدداً هدایت بایرن را بر عهده گرفت، در آن فصل، بایرن مونیخ در مرحله یک هشتم نهایی لیگ قهرمانان موفق شد توسط روی ماکای سریعترین گل تاریخ رقابتهای لیگ قهرمانان اروپا را مقابل رئال مادرید به ثمر برساند اما در مجموع برای بایرن فصل خوبی نبود و آنها نه تنها نتوانست جامی تصاحب کنند که در گرفتن سهمیه فصل بعد لیگ قهرمانان اروپا نیز ناکام ماندند
بایرن در فصل ۰۸–۲۰۰۷ موفق شد بار دیگر جام حذفی و بوندس لیگا را فتح کند، در پایان این سال هیتسفیلد برای دومین بار از بایرن رفت و الیور کان نیز برای همیشه از دنیای فوتبال خداحافظی کرد، بایرن فصل ۰۹–۲۰۰۸ در کسب جام ناکام ماند و یورگن کلینزمن پس از یک سال سرمربیگری ِ بایرن مونیخ از این باشگاه رفت.
از ابتدای فصل ۱۰–۲۰۰۹ لوئی فان خال هدایت بایرن را بر عهده گرفت، در این سال بایرن موفق شد در مرحله گروهی لیگ قهرمانان با نتیجه چهار بر یک باشگاه فوتبال یوونتوس را که از جانلوییجی بوفون درون دروازه سود می‌برد شکست دهد و به مرحله حذفی راه پیدا کند. پس از این پیروزی، بایرنی‌ها نتایج خوبی کسب کردند و موفق شدند در آن سال بوندس لیگا و جام حذفی فوتبال آلمان را فتح کنند و به فینال لیگ قهرمانان اروپا نیز راه پیدا کنند، اما در فینال با دو گل از اینتر میلان شکست خوردند و نایب قهرمان شدند، فصل بعد برای بایرن فصل بدی بود و آنها در کسب جام ناکام ماندند و لوئی فان خال نیز پس از حذف بایرن از لیگ قهرمانان از کار برکنار شد فصل ۱۲–۲۰۱۱ یکی از تلخ ترین فصلهای بایرن مونیخ بود، بایرن در این سال یوپ هینکس را روی نیمکت خود داشت و تا اواخر فصل به کسب هر سه جام امید داشت اما آنها رقابت برای فتح بوندس لیگا را به دورتموند واگذار کردند و در فینال جام حذفی نیز با نتیجه سنگین پنج بر دو مغلوب دورتموند شدند، در نهایت در فینال لیگ قهرمانان اروپا با وجود ارائه یک بازی هجومی در ضربات پنالتی از چلسی شکست خوردند و فصل را با سه نایب قهرمانی به پایان رساندند
بایرن مونیخ پس از سپری کردن فصل کابوس وار ۱۲–۲۰۱۱ در فصل ۱۳–۲۰۱۲ موفق شد به ناکامی های قبلی پایان دهد،این تیم در بوندسلیگا عملکرد عالی داشت و با بیست و پنج امتیاز برتری نسبت به بروسیا دورتموند قهرمان بوندسلیگا شد،بایرن مونیخ رکوردهای زیادی در این فصل جا به جا کرد،از جمله کسب بیشترین امتیاز در یک فصل،سریعترین قهرمانی تاریخ بوندس لیگا با مسجل کردن قهرمانی در هفته ی بیست و ششم،بیشترین پیروزی در یک فصل با بیست و نه برد،کمترین گل خورده با هجده گل،بهترین شروع بوندس لیگا با هشت پیروزی متوالی،بیشترین تعداد کلین شیت با بیست و یک بازی و... بایرن در لیگ قهرمانان نیز پس از غلبه بر تیمهای آرسنال و یونتوس و بارسلونا موفق شد در فینال بروسیا دورتموند را شکست بدهد و پس از دوازده سال قهرمان لیگ قهرمانان اروپا بشود در نهایت بایرن موفق شد در فینال جام حذفی فوتبال آلمان با نتیجه سه بر دو باشگاه فوتبال اشتوتگارت را شکست دهد تا فصل ۱۳–۲۰۱۲ را با فتح کلیه جامهای ممکن به پایان برساند.بایرن مونیخ هم چنین در سوپر جام باشگاهای اروپا در سال 2014-2013 مقابل چلسی انگلستان قرار گرفت و دو تیم در وقتهای اضافه به نتیجه 2-2 دست یافتند و در پنالتی ها بایرن مونیخ 4-5 توانست چلسی را شکست داده و برای اولین بار فاتح این جام شود.
