تیم ملی کشورمان در مسابقات جام جهانی 2006 حضور پرفروغی در مسابقات نداشت و برابر تیم ملی فوتبال پرتغال و مکزیک بازنده شد و تنها برابر آنگولا مساوی کرد.
به گزارش طرفداری، بعد از جام جهانی رییس وقت سازمان تربیت بدنی در اقدامی عجیب، محمد دادکان را از کار برکنار کرد و فدراسیون فوتبال هم در ادامه کار امیر قلعه نویی را جایگزین برانکو در تیم ملی فوتبال کرد.
تیم ملی در دوران قلعه نویی دوران متوسطی را پسری کرد، همه ستارگان دوران برانکو به جز علی دایی، یحیی گل محمدی و سهراب بختیاری زاده هنوز در اختیار تیم ملی فوتبال کشورمان بودند و با حضور این نفرات تیم ملی فوتبال در مسابقات مختلف شرکت داشت.
اما بهترین روز فوتبال ایران در دوران امیر قلعه نویی برد 2-0 برابر کره جنوبی در تهران و در مقدماتی جام ملتهای 2007 بود که باعث شد تیم ملی فوتبال کشورمان در گروه مقدماتی خود بالاتر از تیم ملی کره جنوبی قرار بگیرد و به عنوان تیم اول به مسابقات جام ملتهای 2007 صعود کند.
تیم ملی فوتبال کشورمان با ترکیب حسن رودباریان، محمود فکری، امیرحسین صادقی، محمد نصرتی، علیرضا نیکبخت، جواد نکونام، آندرانیک تیموریان، جواد کاظمیان (حسین بادامکی در دقیقه 77)، علی کریمی، وحید هاشمیان (هادی شکوری در دقیقه 88)، غلامرضا عنایتی (رسول خطیبی در دقیقه 69) به میدان رفت.
تیم ملی با گل دقیقه 48 غلامرضا عنایتی و گل دقیقه 90 حسین بادامکی برابر کره جنوبی برنده شد و این بهترین برد خانگی در تاریخ فوتبال کشورمان در تاریخ بازیهایش برابر تیم ملی فوتبال کشور کره جنوبی بود.