بعد از گل اول ایران توسط قوچان‌نژاد، بین بازیکنان ایران و قطر درگیری به وجود آمد که از تصاویر تلویزیونی دلیل آن مشخص نبود. پس از آنکه قوچان نژاد توانست دروازه قطری‌ها را در دقیقه ۹۴ باز کند، جواد نکونام که اولین تجربه مربیگری‌اش را پشت سر می گذاشت از فرط شادی وارد زمین شد و با ملی‌پوش‌ها خوشحالی کرد. پس از این اتفاق بازیکنان و کادر فنی قطر به حرکت نکونام معترض شدند و به سمت کاپیتان سابق ایران حمله کردند. بعد از این درگیری ملی پوشان هم به طرفداری از نکونام با بازیکنان قطری گلاویز شدند و باعث قطع چند دقیقه‌ای بازی شد. پس از این اتفاقات داور چهارم، ماجرا را به داور وسط گفت و او هم نکونام را از روی نیمکت اخراج کرد.